בדצמבר 2009 החלו הפגנות בכפר א-נבי סאלח, במחאה על השתלטות של מתנחלים על מעיין אל-קוס הסמוך לכפר ועל אדמות פלסטיניות נוספות. ההפגנות נערכו ככלל פעם בשבוע עד שנת 2016.
מלכתחילה התייחסה ישראל להפגנות אלה כבלתי חוקיות ופעלה לפזרן. בשבועות הראשונים התנהלו ההפגנות במתכונת של תהלוכה לא אלימה, שיצאה ממרכז הכפר ועשתה דרכה לעבר המעיין והמפגינים הגיעו עד לכביש הראשי המפריד בין הכפר לבין המעיין וההתנחלות. שם, ומבלי שהופעלה כלפי אלימות כלשהי, פיזרו אותם כוחות הביטחון, בין השאר על ידי שימוש נרחב באמצעים לפיזור הפגנות. לאחר כמה הפגנות החל הצבא למנוע מהתהלוכה לצאת מהכפר ופיזר אותה באלימות.
ברוב המקרים, לאחר פיזור התהלוכה, פרצו עימותים בין כוחות הביטחון לבין צעירים שיידו עליהם אבנים. עימותים אלה נמשכו לעיתים שעות רבות ובמהלכם ירו כוחות הביטחון רימוני גז מדמיע בין בתי הכפר – מה שאילץ את התושבים להסתגר בבתיהם זמן ממושך. כוחות הביטחון גם יישמו צעדים שונים של ענישה קולקטיבית נגד תושבי הכפר – כולל התזת נוזל ה"בואש" המצחין על בתים וחצרות וחסימת הכניסות לכפר לכלי רכב. במהלך השנים נעצרו גם עשרות רבות של תושבים מהכפר, בהם קטינים, וחלקם נידונו לתקופות מאסר ממושכות.
עם הזמן חלו שינויים בעוצמת העימותים עם כוחות הביטחון ומספר המשתתפים בהפגנות הקבועות ירד לכמה עשרות אנשים בלבד עד שנפסקו בשנת 2016. ואולם, גם לאחר סיום ההפגנות השבועיות מתקיימות בכפר מעת לעת הפגנות. נוסף על כך, כוחות הביטחון נכנסים מדי פעם לכפר בתירוצים שונים – לעיתים הם רק מתגרים בתושבים, לעיתים הם עוצרים כמה מהם ולעיתים הם עורכים חיפושים בבתיהם. לאורך השנים נעצרו מעל 300 מתושבי הכפר, כמחציתם קטינים.
מדיניות הפתיחה באש שהצבא מיישם במהלך הכניסות לכפר נותרה זהה לזו שיושמה במהלך ההפגנות, והיא כוללת שימוש נרחב באמצעים לפיזור הפגנות וירי חי – כולל ירי כדורי "טוטו" של צלפים על מיידי אבנים שאינם מסכנים את חיי כוחות הביטחון. כתוצאה ממדיניות זו נפצעו מאז תחילת ההפגנות ועד היום מאות אנשים, מהם עשרות רבות מירי אש חיה. לעשרה מהפצועים לפחות נגרמה נכות זמנית או קבועה. במקביל, הצבא ממשיך לנקוט בצעדים של ענישה קולקטיבית נגד תושבי הכפר.
למידע נוסף על טיפול כוחות הביטחון בהפגנות השבועיות בכפר ראו דו"ח בצלם "הפגנת כוח" משנת 2011.
הרוגים מירי כוחות הביטחון במהלך הפגנות וכניסות של הצבא לכפר
ב-9.12.11 נפצע מוסטפא א-תמימי, בן 28, מפגיעת רימון גז שירה חייל בראשו בעת שיידה אבנים בהפגנה השבועית בכפר, ומת מפצעיו למחרת.
ב-17.11.12 נפצע רושדי א-תמימי, בן 30, מירי כדורים חיים במהלך הפגנה בכפר שבה צעירים יידו אבנים לעבר חיילים, ומת מפצעיו יומיים לאחר מכן.
ב-12.5.17 נהרג סבאא עבייד, בן 22, תושב סלפית, מירי כדורי "טוטו" במהלך הפגנה בכפר, לאחר שקודם לכן יידה אבנים לעבר חיילים. עבייד נורה בעת שהתרחק מהחיילים ומבלי שהיווה סכנה.
ב-6.6.18 נפצע עז א-דין תמימי, בן 20, מירי כדורים חיים בגבו ממרחק של כ-45 מטרים, כשנמלט לאחר שיידה אבנים לעבר החיילים, במהלך מבצע מעצרים בכפר, ומת מפצעיו זמן קצר לאחר מכן.
ב-23.7.21 נפצע מוחמד תמימי, בן 17, מירי כדורים חיים בגבו ובישבנו ממרחק של כשלושים מטרים, לאחר שיידה אבנים לעבר החיילים במהלך כניסה של הצבא לכפר, ומת מפצעיו מאוחר יותר באותו יום.
ב-15.2.22 נפצע ניהאד דאר אל-עיס (ברר'ות'י), בן 19, תושב כפר עין, מירי כדורים חיים במותנו מאחור ממרחק של כשבעים מטרים, לאחר שהוא וצעירים נוספים יידו אבנים לעבר החיילים בכפר, ומת מפצעיו זמן קצר לאחר מכן.
ב-25.10.22 נפצע קוסאיי תמימי, בן 19, מירי כדורים חיים בחזהו בידי חיילים ממרחק של כשמונים מטרים, לאחר שהוא וצעירים נוספים הבעירו צמיגים בסמוך לכניסה לכפר. תמימי מת מפצעיו זמן קצר לאחר מכן.
