בשנת 2005 הוציאה עירית ירושלים צווי הריסה למרבית בתי שכונת אל בוסתאן בכפר סילוואן. למרות התחייבות ראש העיר בעבר לאפשר לכאלף תושבי השכונה להציג תוכנית שתשקף את צורכי הפיתוח במקום, שבה העירייה והרסה השבוע בתים בשכונה.
ב-4.10.06 ירה שוטר מג"ב תומר אברהם באיאד אבו רעייה, שנתפס בתל-אביב ללא היתר, והרג אותו. קודם לכן הכה אברהם את אבו רעייה קשות. שופט בית המשפט המחוזי בת"א עודד מודריק התייחס להריגתו של אבו רעייה כאל "מעשה כושל קטלני אגב פעילות צבאית או משטרתית" וגזר על השוטר שנת מאסר אחת בלבד.
ב-30.9.08 עצרו את שוטרים את שאדי סבאתין ואת מעסיקו הישראלי. במהלך חקירתו הכה החוקר את סבאתין קשות, בניסיון לסחוט ממנו הודאה בכך שעבד בירושלים ללא היתר. מעסיקו, ששמע את צעקותיו מחדר החקירות, הגיש תלונה במח"ש.
ב-2.11.08 דחה בית המשפט הצבאי לערעורים את ערעורן של שתי קטינות הנתונות במעצר מנהלי. בצלם קורא לצבא לשחרר את השתיים לאלתר או, במקרה שקיימות ראיות נגדן, להעמידן לדין על-פי כללי ההליך ההוגן.
למרות הביקורת החריפה שמתחו שופטי בג"ץ, נותר הפצ"ר איתן בדעתו לפיה ההתעללות בעציר פלסטיני כפות וירי לעברו הם לכל היותר התנהגות שאינה הולמת.
ב-5.10.08 יצאו שני דייגים מרפיח לים בסירת משוטים. מעדותו של אחד מהם, מוחמד מוסלח, עולה כי בעת שהיו בתחום בו מתיר הצבא דיג, נפתחה לעברם אש מספינה של חיל הים, ללא אזהרה. מוסלח נפצע ברגלו באורח חמור ומאושפז כעת בביה"ח אל-מקאסד בירושלים. מקרה זה הוא אחד משורה ארוכה של מקרים שתיעד בצלם בשנתיים האחרונות בהם חיילים ירו והתעללו בדייגים בחופי רצועת עזה.
מעדויותיהם של מג'די וח'אלד אל-חוסייני, תושבי מזרח ירושלים, עולה כי בליל ה- 17.10.08, בשעה שצעדו לעבר גלידרייה במדרחוב בן יהודה בעיר, הותקפו על-ידי קבוצת יהודים חמושים באלות. השניים הוכו ונמלטו לידיהם של שוטרים שהיו בקרבת מקום, אך אלה נהגו בהם בגסות רבה. פרמדיק שהגיע לטפל במג'די אל-חוסייני, שנפגע קשה מחברו, נהג אף הוא בגסות, הכאיב לו במכוון וכבל את ידיו כשהעלה אותו על האמבולנס.
מסיק הזיתים בשטחים, שהחל לפני מספר שבועות, מתנהל בצל חשש מתקיפות של מתנחלים על חקלאים פלסטינים. במספר מקומות נרשמו התנכלויות כאלה, ביניהן השחתת עצים ויבול, הכאת מוסקים ויידוי אבנים עליהם. בצלם שב וקורא לצבא למלא את חובתו להגן על פלסטינים המוסקים באדמותיהם.
ב-11.9.08, באישון לילה, עצרו חיילים את מוחמד חוואג'א, בן 12 מהכפר ניעלין, תוך שהם מכים אותו וגוררים אותו על האדמה. הילד הוכה גם בחקירתו, והוחזק במשך ארבעה ימים בכלא עופר עם עצירים בוגרים. עבד א-רחמאן עבד אל-חלים, נער בן 14 שנעצר ביחד איתו, נכלא ל-45 יום.
בצלם מגנה בחריפות את פיגוע הדקירה שביצע היום [23.10.08] פלסטיני בשכונת גילה בירושלים, שבו נהרג אזרח ישראלי. התקפות מכוונות נגד אזרחים אינן מוסריות או אנושיות והינן בלתי חוקיות. הרג מכוון של אזרחים מוגדר "הפרה חמורה" במשפט ההומניטארי הבינלאומי ומהווה פשע מלחמה שלא ניתן להצדיקו, יהיו הנסיבות אשר יהיו.
ב-28.9.08 התקיים דיון בבג"ץ בעתירתם של אשרף אבו רחמה וארגונים לזכויות האדם בדרישה לשנות את סעיפי האישום נגד המג"ד והחייל היורה מניעלין. השופטים הורו לפרקליטות הצבאית לשקול מחדש את החלטתם, בתוך ארבעים יום.
העתירה הוגשה על-ידי ארגונים לזכויות האדם ואשרף אבו רחמה, שנורה בניעלין כשהוא כפות ועיניו מכוסות. העותרים דורשים לבטל את ההחלטה להעמיד לדין את המג"ד סא"ל ברוברג ואת החייל היורה בגין "התנהגות שאינה הולמת" ולשנות את כתב האישום כך שישקף את חומרת המעשה.
משטר האפרטהייד והכיבוש הישראלי כרוך ממהותו בהפרה שיטתית של זכויות האדם. בצלם פועל במטרה להביא לסיומו, מתוך הכרה שרק בדרך זו ניתן לממש עתיד בו זכויות האדם, דמוקרטיה, חירות ושוויון יובטחו לכל בני האדם – פלסטינים וישראלים – החיים בין הירדן לים.
ברצועת עזה פועלת ישראל מאז מתקפת חמאס ב-7 באוקטובר 2023 באופן מתואם ומתוך כוונה ברורה להביא להרס של החברה הפלסטינית ומבצעת ג'נוסייד בתושביה. על רקע מעשיה של ישראל בעזה, הצהרותיהם של מקבלי החלטות ישראלים, והיעדרה של פעולה אפקטיבית מצד הקהילה הבינלאומית, קיימת סכנה ממשית שהמשטר הישראלי ירחיב את הג'נוסייד גם לאזורים נוספים שתחת שליטתו, ובראש ובראשונה לגדה המערבית. בצלם קורא לציבור הישראלי ולקהילה הבינלאומית לפעול בכל האמצעים שמאפשר המשפט הבינלאומי לעצירתו המיידית של הג׳נוסייד הישראלי בפלסטינים.