תשעה ארגונים לזכויות האדם עתרו ב-1.9.05 לבג"ץ בדרישה לבטל חוק חדש ששולל פיצוים מפלסטינים שנפגעו על ידי כוחות ישראלים. החוק פוטר את ישראל מתשלום פיצויים לפלסטינים שנפגעו, בין השאר, כתוצאה מרשלנות בשטחי אימונים, מירי בלתי חוקי, ממעשי ביזה, מאלימות פיזית ומהתעללויות והשפלות במחסומים. ישראל מגנה מעשים אלה, ולעיתים אף מעמידה לדין חיילים המבצעים אותם, אולם היא שללה את זכותם של קרבנותיהם הפלסטינים לקבל פיצוי, הנחוץ במקרים רבים למימון טיפול רפואי ושיקום.
הסרטון מתאר את שגרת חייהם של שוכני המערות בדרום הר חברון בצל אלימות המתנחלים והתנכלויות הצבא.
הגילוי, המבוסס על תחקיר בצלם, כי חמשת ההרוגים במחנה הפליטים טול-כרם לא היו חמושים, מחזק את החשד הכבד עליו הצביע בצלם בדו"ח "לא לוקחים שבויים", להיווצרות נורמה של הוצאה להורג בקרב אנשי כוחות הביטחון. תחקירי בצלם בנוגע למבצעי מעצרים חשפו כי במקרים רבים, לא נעשה ניסיון רציני לעצור את המבוקשים, והכוחות פעלו כאילו מדובר במבצעי התנקשות לכל דבר. בצלם דורש לפתוח מייד בחקירת מצ"ח של האירוע, ולא להסתפק בתחקיר פנימי.
חמישה ארגוני זכויות אדם ישראליים התריעו מפני אפשרות של גל אלימות מצד אזרחים ישראלים כלפי פלסטינים ורכושם, במהלך ההתנתקות ולאחריה, ודרשו מרשויות אכיפת החוק להציב כוחות באזורים מועדים לפורענות ולפקח בקפדנות על הנשק הנמצא בידי מתנחלים.
דו"ח של בצלם והמוקד להגנת הפרט, "כלא עזה", מתעד את ההפרה המתמשכת של זכויות האדם ושל המשפט הבינלאומי הכרוכה בהגבלות שישראל מטילה על תנועתם של אנשים וסחורות מרצועת עזה ואליה. ומתריע מפני מגמת ההתנערות של הממשלה מאחריותה לפלסטינים תושבי הרצועה בעידן שלאחר ההתנתקות.
ב-27.7.05 אישרה הכנסת בקריאה שנייה ושלישית את התיקון לחוק האזרחות, שנועד להגביל איחוד משפחות בין אזרחים ותושבים בישראל (כולל מזרח ירושלים) לבין פלסטינים תושבי השטחים. החוק אינו חל על אזרחים ישראלים המבקשים מעמד חוקי עבור בני זוג זרים ממקומות אחרים בעולם . התיקון שאישרה הכנסת הוא גרסה חדשה של הוראת שעה הנמצאת בתוקף החל משנת 2003.
בימים האחרונים הוצאו צווי תפישה לקרקעות בתוואי המכשול מדרום להתנחלות מעלה אדומים. המכשול סביב מעלה אדומים וההתנחלויות הסמוכות אליה יקיף 74,000 דונם, ויצמצם עוד יותר את חופש התנועה של מאות אלפי פלסטינים בין דרום הגדה המערבית לצפונה. 30,000 תושבי הכפרים אבו דיס ואל-עייזרייה יאולצו לחיות במובלעת המוקפת חומה משלושה עברים. בניית המכשול בתוואי הנוכחי ממשיכה את מגמת ניתוקה של מזרח ירושלים מיתר הגדה המערבית.
בצלם מגנה בחריפות את הפיגוע בקניון בנתניה, בו נהרגו שלוש אזרחיות ישראליות ונפצעו אזרחים ישראלים רבים. התקפות מכוונות נגד אזרחים חותרות תחת כל כלל מוסרי, משפטי ואנושי. הריגה מכוונת של אזרחים מוגדרת כ"הפרה חמורה" במשפט ההומניטארי הבינלאומי והיא "פשע מלחמה" שלא ניתן להצדיקו, יהיו הנסיבות אשר יהיו.
הדו"ח מתריע מפני מאמציה המתמשכים של ישראל לגרש כאלף פלסטינים, תושבי המערות בדרום הר חברון באמצעות התשה שיטתית שלהם ומתאר את ההתנכלויות החוזרות ונשנות של מתנחלים לתושבים.
מאות מתושבי אל-מוואסי, בהם עשרות ילדים, ממתינים ימים ארוכים במחסום א-תופאח שבח'אן-יונס עד שיגיע תורם לשוב לבתיהם.
בג``ץ הורה בצו ביניים לעכב את בניית מכשול ההפרדה בשכונה דאחית אל-בריד שב-ראם, מצפון לירושלים, עד להמשך הדיון בעתירות נגד המכשול.
משטר האפרטהייד והכיבוש הישראלי כרוך ממהותו בהפרה שיטתית של זכויות האדם. בצלם פועל במטרה להביא לסיומו, מתוך הכרה שרק בדרך זו ניתן לממש עתיד בו זכויות האדם, דמוקרטיה, חירות ושוויון יובטחו לכל בני האדם – פלסטינים וישראלים – החיים בין הירדן לים.
ברצועת עזה פועלת ישראל מאז מתקפת חמאס ב-7 באוקטובר 2023 באופן מתואם ומתוך כוונה ברורה להביא להרס של החברה הפלסטינית ומבצעת ג'נוסייד בתושביה. על רקע מעשיה של ישראל בעזה, הצהרותיהם של מקבלי החלטות ישראלים, והיעדרה של פעולה אפקטיבית מצד הקהילה הבינלאומית, קיימת סכנה ממשית שהמשטר הישראלי ירחיב את הג'נוסייד גם לאזורים נוספים שתחת שליטתו, ובראש ובראשונה לגדה המערבית. בצלם קורא לציבור הישראלי ולקהילה הבינלאומית לפעול בכל האמצעים שמאפשר המשפט הבינלאומי לעצירתו המיידית של הג׳נוסייד הישראלי בפלסטינים.