הדו"ח מתאר כיצד, בתכנון התוואי, גברו שיקולים של הרחבת התנחלויות והשתלטות על קרקעות על שיקולים ביטחוניים.
הדו"ח מתריע מפני מאמציה המתמשכים של ישראל לגרש כאלף פלסטינים, תושבי המערות בדרום הר חברון באמצעות התשה שיטתית שלהם ומתאר את ההתנכלויות החוזרות ונשנות של מתנחלים לתושבים.
הדו"ח עוסק באחד המרכיבים המרכזיים, אך המוכרים פחות, של מדיניות ישראל להגבלת תנועתם של הפלסטינים בשטחים: האיסור על נסיעתם של פלסטינים בכבישים מסוימים בגדה המערבית. משטר הכבישים האסורים הוא תופעה חמקמקה, בין השאר משום שכלליו מעולם לא נכתבו: לא בחקיקה של הכנסת, לא בהחלטה של הדרג המדיני, לא בצו צבאי, לא בהודעה לעיתונות, ואפילו לא בשלט אזהרה לפלסטינים המתריע מפני כניסה לכביש שנסיעתם בו מוגבלת או אסורה. קיומו של המשטר הוא פועל יוצא של הוראות הניתנות לחיילים בעל פה, וכן של כמה פרקטיקות שצה"ל מיישם בגדה המערבית מאז תחילת האינתיפאדה.
הקמת מכשול ההפרדה גרמה לפגיעה קשה בזכויות האדם של עשרות אלפי פלסטינים בגדה המערבית. בדו"ח זה עומד בצלם על הפגיעה ביכולתם של תושבי כפרים שנמצאים ממזרח למכשול, באזור שבין טול כרם לקלקיליה, לנוע בין מקום מגוריהם לאדמתם, ועל הפגיעה הנגזרת מכך בפרנסתם. התוואי הנוכחי של מכשול ההפרדה, הוא הגורם העיקרי להפרת זכויות האדם באזור. קביעת התוואי לא הסתמכה, כגרסת הממשלה, על שיקולים ביטחוניים בלבד. שיקולים נוספים, כמו הכללת התנחלויות ושטחים המיועדים להרחבתן בעתיד ממערב למכשול, השפיעו מאוד על ההחלטה. שיקולים כאלה אינם לגיטימיים ואינם יכולים להצדיק פגיעה בזכויות אדם.
משטר הכיבוש הישראלי כרוך ממהותו בהפרה שיטתית של זכויות האדם. בצלם פועל במטרה להביא לסיומו, מתוך הכרה שרק בדרך זו ניתן לממש עתיד בו זכויות האדם, דמוקרטיה, חירות ושוויון יובטחו לכל בני האדם – פלסטינים וישראלים – החיים בין הירדן לים.