מאז 1967 ועד אמצע 2011 הוקמו ברחבי הגדה המערבית 124 התנחלויות ישראליות בהן הכיר משרד הפנים כיישובים. בנוסף הוקמו כמאה מאחזים, שהם התנחלויות שהוקמו ללא אישור רשמי אך בתמיכה ובסיוע של משרדי ממשלה. 12 שכונות הוקמו בשטחים שסופחו לאחר 1967 לשטח השיפוט של עיריית ירושלים, ואלו נחשבות על-פי משפט הבינלאומי להתנחלויות. הממשלה גם מימנה וסייעה בהקמת כמה מובלעות של מתנחלים בלב השכונות הפלסטיניות במזרח ירושלים, כולל ברובע המוסלמי בעיר העתיקה, בסילוואן, בשיח' ג'ראח, בהר הזיתים, בראס אל-עמוד, באבו דיס ובג'בל מוכבר 16 התנחלויות שהוקמו ברצועת עזה וארבע התנחלויות בצפון הגדה המערבית פורקו בשנת 2005, במהלך יישום "תוכנית ההתנתקות".

ישראל יצרה בשטחים משטר של הפרדה-תוך-אפליה, במסגרתו קיימות שתי מערכות משפט נפרדות באותו שטח - אחת עבור המתנחלים, המספחת דה-פקטו את ההתנחלויות לישראל ומעניקה למתנחלים זכויות של אזרחים במדינה דמוקרטית. השנייה - מערכת חוק צבאית המקפחת בשיטתיות את זכויותיהם של הפלסטינים ומונעת מהם כל השפעה ממשית על עיצוב המדיניות בנוגע למרחב שבו הם חיים ולזכויותיהם. מערכות נפרדות אלו מקבעות משטר שבו זכויותיו של אדם תלויות בהשתייכותו הלאומית.

תחת משטר זה, נגזלו מאות אלפי דונמים של אדמות מהאוכלוסייה הפלסטינית, ששימשו להקמת עשרות התנחלויות ולאכלוסן במאות אלפי אזרחים ישראלים. ישראל אוסרת על הציבור הפלסטיני בכללותו להיכנס לאדמות אלה ולעשות בהן שימוש. קיומן של ההתנחלויות גורם להפרתן של רבות מזכויות האדם של הפלסטינים, כולל הזכויות לקניין, לשוויון, לרמת חיים נאותה והזכות לחופש תנועה. השינוי הקיצוני שעשתה ישראל במפת הגדה המערבית, מונע כל אפשרות ממשית להקמת מדינה פלסטינית עצמאית ובת קיימא במסגרת מימוש הזכות להגדרה עצמית.