החיים במזרח ירושלים, בצל מפעל ההתנחלות המתרחב, נפיצים ורווי קונפליקט. בצלם ועיתון הגרדיאן הבריטי מסרו מצלמות למספר פלסטינים הגרים באזור, ולישראלים המודאגים מהתנהלותה של מדינתם, על-מנת שייצרו יומני וידיאו של חייהם. היומנים מאפשרים הצצה חטופה אל השלכותיה של המציאות הנפיצה על חייהם של המשתתפים בפרויקט. זהו אחד מהיבטיו של פרויקט "חמושים במצלמות" של בצלם, שבמסגרתו חילק הארגון מצלמות לכ-200 משפחות פלסטיניות לצורך תיעוד הפרות של זכויותיהן.
יונתן פרש מעבודתו ברשות העתיקות של ישראל מכיוון שמאס בניצול המדע האהוב עליו להאדרת ההיסטוריה היהודית באזור על פני רבדים היסטוריים אחרים. לאחר שעזב את שירות המדינה הקים יונתן את ארגון "עמק השווה" העוסק בהנחיית סיורים אלטרנטיביים באתר ארכיאולוגי חשוב במיוחד: הכפר הפלסטיני סילוואן במזרח ירושלים. בכפר זה גר זוהיר א-רג'בי.
