ב-6.9.99 קבעו תשעה שופטים של בית המשפט העליון, פה אחד, שחלק משיטות החקירה בהן נקט השב"כ מאז ניתנו המלצות ועדת לנדוי ב-1987 הן בלתי חוקיות ופסולות. בכך פסל בג"צ את ההנחיות לפיהן פעל השב"כ עד מתן פסק הדין, אשר התירו שימוש בשורה ארוכה של אמצעי חקירה המהווים עינויים. בין האמצעים שנפסלו: טלטול הנחקר, החזקתו וקשירתו בתנוחות מכאיבות, מניעת שינה, כיסוי הראש בשק והשמעת מוסיקה רועשת. פסק הדין ניתן בעקבות שבע עתירות שהוגשו בשם נחקרים פלסטינים על- ידי ארגוני זכויות האדם: האגודה לזכויות האזרח, המוקד להגנת הפרט והוועד נגד עינויים.

פסיקת בג"צ שמה קץ למצב החמור ששרר קודם לכן, בו היתה ישראל המדינה היחידה בעולם בה עינויים נחשבו לחוקיים. כללי העינויים נכתבו על-ידי וועדה רשמית בראשות שופט עליון לשעבר ואושרו על-ידי ועדה ממשלתית. וועדה פרלמנטרית ומבקר המדינה מונו כדי לפקח על ביצועם של כללים אלה ובתי-המשפט נדרשו לאשר תרגילים משפטיים שיכשירו אותם.

בפסק הדין כתבו השופטים כי "אם המדינה מבקשת להבטיח כי חוקרי שירות הביטחון הכללי יוכלו להשתמש באמצעים פיסיים בחקירות, עליה לקבוע לעניין זה הסמכה בחוק ." השופטים הוסיפו, עם זאת, כי חוק כזה, שבהכרח יפגע בחירותו של הנחקר, חייב להיות "הולם את ערכיה של מדינת ישראל, שנועד לתכלית ראויה, ובמידה שאינה עולה על הנדרש ,"בהתאם לתנאים שנקבעו בחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו.

בעקבות פסק-הדין קראו אנשי ציבור לחוקק חוק שיתיר לשב"כ להמשיך ולהשתמש באמצעים פיסיים בחקירותיו. חבר הכנסת רובי ריבלין מסיעת הליכוד הגיש הצעת חוק ברוח זו . כמו כן, ב-15.9.99, מינתה ועדת השרים לענייני השב"כ , בראשות ראש הממשלה אהוד ברק, ועדה על-מנת שתבחן האם וכיצד ניתן לעגן בחקיקה חקירות הכרוכות בשימוש בלחץ פיסי. בדצמבר 1999 העבירה הוועדה את המלצותיה לממשלה. חברי הוועדה, בראשות המשנה ליועץ המשפטי לממשלה מני מזוז והמשנה לפרקליט המדינה רחל סוכר, לא הגיעו להסכמה באשר לחקיקה הראוייה והעבירו לראש הממשלה המלצות שונות בנוגע לכך.

ב-15.2.00 הודיע ראש השב"כ כי הוא מוותר על תביעתו לחוקק חוק שיתיר שימוש בלחץ פיסי בחקירות, בעיקר בשל הההשלכות שיהיו לחקיקה כזו על מעמדה של ישראל בעולם . ראש הממשלה, אהוד ברק, הצהיר בדיון בכנסת ב-14.3.00, כי הוא תומך בחקיקה שתתיר הפעלת לחץ פיסי במקרים של "פצצה מתקתקת," כלומר "כאשר המעשה דרוש באופן מיידי להצלת חיים מסכנה מוחשית של פגיעה חמורה, וכשאין דרך אחרת סבירה להשיג את התוצאה הזאת."

מאז פסק-הדין, ובעיקר מאז פרצה אינתיפאדת אל-אקצא, קראו אנשי ציבור שונים לחקיקה שתתיר שימוש בעינויים בחקירות.

כל היתר בחוק, ולו הסמלי ביותר, להפעלת לחץ פיסי בחקירות צריך להדחות על הסף, גם אם ניתן היה להוכיח שהפעלת לחץ כזה בחקירות תוביל להצלת חיי אדם. עינויים מהווים פגיעה כה חמורה בכבודו של אדם ובצלם האנוש שלו, ולכן אין כל מקום להכלילם באיזון מסוג כלשהו.

מעבר לכך, נסיון העבר מצביע על כך כי כל הצעת חוק אשר תתיר לשב"כ להשתמש במידה מסוימת של לחץ פיסי, ולו במקרים יוצאי-דופן, כמוה כמתן היתר חוקי לעינויים. זו המסקנה המתבקשת מבחינת הדרך בה יושמו המלצות ועדת לנדוי ב-12 השנים האחרונות, המצביעה על-כך שבפועל לא ניתן להגביל את השימוש בלחץ פיסי בחקירות כך שהוא לא יגיע לדרגת עינויים, ולא יופעל באופן שיגרתי. דו"ח מבקרת המדינה משנת 1995, שפורסם רק בפברואר 2000, מחזק מסקנה זו ומצביע על חריגות נרחבות מהכללים שנקבעו על- ידי ועדת לנדוי.

בנוסף, כל חוק שיתיר לשב"כ להפעיל לחץ פיסי בחקירות או לגרום במכוון סבל נפשי, גם אם ייקבע בו שההיתר הוא אך ורק למקרים של הצלת חיים וגם אם ייאסר בו במפורש שימוש בעינויים, יתנגש באחד מן הכללים המושרשים ביותר במשפט הבינלאומי: האיסור המוחלט הן על עינויים והן על יחס אכזרי, בלתי אנושי או משפיל. החופש מעינויים ומצורות אחרות של יחס ועונשים אכזריים, בלתי אנושיים או משפילים הינו זכות בסיסית ומוחלטת של כל אדם, ואין לפגוע בזכות זו יהיו הנסיבות אשר יהיו.

ישראל ניצבת בפני איומים לביטחונה, כולל מקבוצות המשתמשות בהרג ללא אבחנה לקידום מטרותיהן הפוליטיות. עם זאת, מדינה אינה יכולה להלחם במעשים כאלה, המנוגדים לחוק, בכך שתפר את החוק בעצמה. הפסול שבמעשיהן של קבוצות אלה הוא באותה נכונות שלא לבחול באמצעים על- מנת להשיגן. מדינה המתירה לכוחות הביטחון שלה לענות נחקרים במסגרת מלחמתה נגד אויביה, מאמצת עמדה לפיה המטרה מקדשת את האמצעים. אולם, דרכי פעולה כאלה עומדות בניגוד גמור לערכי יסוד של מדינה דמוקרטית, וכפי שקבע השופט ברק בפסק הדין שפסל את שיטות החקירה של השב"כ, "זה גורלה של דמוקרטיה, שלא כל האמצעים כשרים בעיניה, ולא כל השיטות בהן נוקטים אויביה פתוחות לפניה."