למרות שהמתנחלים חיים בשטחים הנתונים למשטר צבאי, ולמרות שההתנחלויות לא סופחו לשטח ישראל באופן רשמי, החילה ישראל חלקים ניכרים מהמשפט הישראלי על המתנחלים. כתוצאה מכך, אזרחים ישראלים המתגוררים בשטחים אינם נתונים למרותו של החוק הצבאי או החוק המקומי, כמו התושבים הפלסטינים, אלא מועמדים לדין על-פי החוק הפלילי הישראלי.

"תקנות שעת חירום (עבירות בשטחים המוחזקים - שיפוט ועזרה משפטית), תשכ"ז-1967," שהתקין שר הביטחון ביולי 1967, קבעו כי אזרחים ישראלים שעברו עבירות בשטחים יישפטו בבתי-משפט אזרחיים ישראליים. חרף ניסוחן הבלתי מחייב, הגבילו התקנות, למעשה, את סמכויות המפקד הצבאי ובתי-הדין המקומיים בשטחים ויצרו לראשונה מעמד פרסונלי חוץ- טריטוריאלי לאזרחי ישראל בשטחים. תקנות אלה מוארכות מאז באופן תקופתי על-ידי הכנסת.

מערכת המשפט הישראלית מבטיחה למתנחלים חירויות וערביות משפטיות שאינן מוקנות לנאשמים הפלסטינים בשטחים, המואשמים באותה עבירה. הסמכות לעצור אדם, תקופת המעצר של חשוד לפני הבאתו בפני שופט, הזכות להיפגש עם עורך-דין, ההגנות העומדות לנאשם בעת המשפט, העונש המקסימלי המותר בחוק ושחרור אסירים לפני ריצוי מלא תקופת המעצר - כל אלה שונים באופן משמעותי בין שתי מערכות המשפט, כאשר המערכת הישראלית מעניקה לחשודים ולנאשמים הגנות רבות יותר.

מצב זה, בו מוחלות בשטחים מערכות משפט שונות על שתי אוכלוסיות המתגוררות באותו שטח, כאשר זהותו הלאומית של אדם היא הקובעת על-פי איזו מערכת משפט ובאיזה בית-משפט, מנוגד לעיקרון השוויון בפני החוק, בעיקר לנוכח הפערים בין המערכות. הדבר מנוגד גם לעיקרון הטריטוריאליות, המקובל בתפיסות משפטיות מודרניות, לפיו אנשים החיים בשטח מסויים צריכים להיות כפופים לאותה מערכת חוקים.

מאחר ומדובר בשטח כבוש אחד, נוצר מצב חמור ביותר: בשטחים מקיימת ישראל משטר של הפרדה-תוך-אפליה על- פי חוק, אשר ספק אם יש לו אח ורע בעולם מאז בוטל משטר האפרטהייד בדרום-אפריקה.

חשודים בביצוע עבירות בשטחים חייבים לעמוד לדין בפני אותה מערכת משפט ועל-פי אותם חוקים, ללא קשר לזהותם הלאומית. יש לבטל את החלת החוק הפלילי הישראלי על אזרחים ישראלים ועל יהודים שאינם אזרחי המדינה בשטחים. בהתאם למשפט הבינלאומי, כל עוד נמשכת שליטת ישראל בשטחים, יש להחיל את מערכת המשפט הצבאית והמקומית על כל מי שעובר עבירה בשטחים, תוך שמירה על זכויות האדם.