למרות שהמתנחלים חיים בשטחים הנתונים למשטר צבאי, ולמרות שההתנחלויות לא סופחו לשטח ישראל באופן רשמי, החילה ישראל חלקים ניכרים מהמשפט הישראלי על המתנחלים. כתוצאה מכך, אזרחים ישראלים המתגוררים בשטחים אינם נתונים למרותו של החוק הצבאי או החוק המקומי, כמו התושבים הפלסטינים, אלא מועמדים לדין על-פי החוק הפלילי הישראלי.

"תקנות שעת חירום (עבירות בשטחים המוחזקים - שיפוט ועזרה משפטית), תשכ"ז-1967," שהתקין שר הביטחון ביולי 1967, קבעו כי אזרחים ישראלים שעברו עבירות בשטחים יכולים להישפט גם בבתי-משפט אזרחיים ישראליים. בכך נוצר מעמד פרסונלי חוץ- טריטוריאלי לאזרחי ישראל בשטחים. תקנות אלה מוארכות מאז באופן תקופתי על-ידי הכנסת."

מערכת המשפט הישראלית מבטיחה למתנחלים חירויות וערביות משפטיות שאינן מוקנות לנאשמים הפלסטינים בשטחים, המואשמים באותה עבירה. הסמכות לעצור אדם, תקופת המעצר של חשוד לפני הבאתו בפני שופט, הזכות להיפגש עם עורך-דין, ההגנות העומדות לנאשם בעת המשפט, העונש המקסימאלי המותר בחוק ושחרור אסירים לפני ריצוי מלא תקופת המעצר - כל אלה שונים באופן משמעותי בין שתי מערכות המשפט, כאשר המערכת הישראלית מעניקה לחשודים ולנאשמים הגנות רבות יותר.

מצב זה, בו מוחלות בשטחים מערכות משפט שונות על שתי אוכלוסיות המתגוררות באותו שטח, כאשר זהותו הלאומית של אדם היא הקובעת על-פי איזו מערכת משפט ובאיזה בית-משפט יישפט, מנוגד לעיקרון השוויון בפני החוק, בעיקר לנוכח הפערים בין המערכות. הדבר מנוגד גם לעיקרון הטריטוריאליות, המקובל בתפיסות משפטיות מודרניות, לפיו אנשים החיים בשטח מסוים צריכים להיות כפופים לאותה מערכת חוקים.