מעשי אלימות של אזרחים ישראלים כלפי פלסטינים בשטחים לובשים צורות רבות ושונות, ומגיעים לעיתים לכדי מעשי הרג. מתחילת האינתיפאדה השנייה ועד סוף יוני 2011 הרגו אזרחים ישראלים 50 פלסטינים בשטחים. מדצמבר 1987, אז פרצה האינתיפאדה הראשונה, עד שפרצה האינתיפאדה השנייה, הרגו אזרחים ישראלים 115 פלסטינים.

בחלק מהמקרים, ירו ישראלים על פלסטינים כאשר נשקפה להם סכנת חיים, כמו במקרים בהם ניסו פלסטינים חמושים להיכנס לתוך שטחי התנחלויות. אולם, במקרים רבים אחרים ישראלים הרגו פלסטינים מבלי שהדבר נדרש לצורך הגנה עצמית. למשל, בחלק מהמקרים, אזרחים ישראלים רדפו אחרי פלסטינים שיידו אבנים וירו בגופם. מעשה כזה מנוגד לחלוטין לחוק הפלילי ולהוראות הפתיחה באש החלות על אזרחים.

בשנים האחרונות מבצעים מתנחלים פעולות אלימות תחת הכותרת "תג מחיר". מדובר בפעולות תגמול אלימות המכוונות נגד האוכלוסייה הפלסטינית ונגד כוחות הביטחון הישראליים. מעשי האלימות באים בדרך כלל בתגובה לפעולות של רשויות השלטון הישראלי הנתפסות כפגיעה במפעל ההתנחלות או בעקבות מעשי אלימות של פלסטינים נגד מתנחלים. בצלם תיעד בשנים האחרונות מעשים רבים כאלה, שכללו חסימת כבישים, יידוי אבנים על מכוניות ועל בתים, פלישה לכפרים פלסטיניים ולאדמותיהם, הצתת שדות, עקירת מטעים ופגיעה ברכוש.

הכינוי "תג מחיר" נטבע על-ידי מתנחלים, שהסבירו את משמעותו בראיונות לאמצעי התקשורת. כך למשל, ב-24.7.08, לאחר שכוחות הביטחון פינו אוטובוס שהוצב במאחז עדי עד, צוטט בעיתון "הארץ" ראש מטה המאבק ביצהר באומרו: "על המשטרה להבין שיהיה תג מחיר גבוה מאוד לכל אירוע מסוג זה". בהמשך הוא הסביר את הפגיעה בפלסטינים כ"גילוי של אזרחות טובה שנועד לסייע למשטרה לאכוף את חוקי התכנון והבנייה באזור גם על הפלשתינאים." ב-15.11.08, בעקבות פינוי המאחז חוות פדרמן, צוטט רב ההתנחלות הר ברכה, אליעזר מלמד, באתר nrg, כדלקמן: "התברר שמדיניות תג מחיר יעילה ביותר, ומערכת הביטחון עושה הכול כדי לשוברה".

תחקיר של בצלם בנוגע לכמה אירועים שכללו פשיטות אלימות של מתנחלים על כפרים פלסטיניים העלה כי כוחות הביטחון התערבו רק בשלבים מאוחרים יחסית של האירועים, בדרך כלל רק כאשר פלסטינים החלו ליידות אבנים על תוקפיהם. זאת למרות שאירועים אלה הם חלק מדפוס חוזר וברור שניתן לצפותו מראש. כוחות הביטחון חייבים להיערך מראש במטרה למנוע פגיעה בפלסטינים. כמו כן, על הדרג הבכיר להבהיר לכוחות הביטחון כי אין די בנוכחותם בשטח וכי מחובתם לפעול להפסקת מעשי האלימות של מתנחלים באמצעות הרחקת התוקפים ומעצרם.

על ישראל, ככוח הכובש בגדה המערבית, מוטלת החובה לשמור על הסדר הציבורי ועל ביטחונם של התושבים הפלסטינים. בפסק דין שעסק בחובתם של כוחות הביטחון לאפשר התנהלות סדירה של מסיק הזיתים, קבע בית המשפט העליון כי "ההגנה על ביטחונם וקניינם של התושבים המקומיים היא מהחובות הבסיסיות ביותר המוטלות על המפקד הצבאי בשטח". השופטים הוסיפו כי על מערכת הביטחון "ליתן הנחיות ברורות וחד-משמעיות לכוחות הפועלים בשטח" וכן "להקצות כוחות על מנת להגן על קניינם של התושבים הפלסטינים" (בג"ץ 9593/04, מוראר ואח' נ. מפקד כוחות צה"ל ביהודה ושומרון ואח').