מעשי אלימות של אזרחים ישראלים כלפי פלסטינים בשטחים לובשים צורות רבות ושונות, ומגיעים לעיתים לכדי מעשי הרג. מתחילת האינתיפאדה השנייה ועד סוף שנת 2011 הרגו אזרחים ישראלים 50 פלסטינים בשטחים. מדצמבר 1987, אז פרצה האינתיפאדה הראשונה, ועד לפרוץ האינתיפאדה השנייה, הרגו אזרחים ישראלים 115 פלסטינים.

בחלק מהמקרים, ירו ישראלים על פלסטינים כאשר נשקפה סכנה לחייהם, כמו במקרים שבהם ניסו פלסטינים חמושים להיכנס לתוך שטחי התנחלויות. אולם, במקרים רבים אחרים ישראלים הרגו פלסטינים מבלי שהדבר נדרש לצורך הגנה עצמית. למשל, בחלק מהמקרים, אזרחים ישראלים רדפו אחרי פלסטינים שיידו אבנים וירו בגופם. מעשה כזה מנוגד לחלוטין לחוק הפלילי ולהוראות הפתיחה באש החלות על אזרחים.

בשנים האחרונות מבצעים מתנחלים פעולות אלימות תחת הכותרת "תג מחיר". מדובר בפעולות תגמול אלימות המכוונות נגד האוכלוסייה הפלסטינית ונגד כוחות הביטחון הישראליים. מעשי האלימות באים בדרך כלל בתגובה לפעולות של רשויות השלטון הישראלי הנתפסות כפגיעה במפעל ההתנחלות או בעקבות מעשי אלימות של פלסטינים נגד מתנחלים. בצלם תיעד בשנים האחרונות מעשים רבים כאלה, שכללו חסימת כבישים, יידוי אבנים על מכוניות ועל בתים, פלישה לכפרים פלסטיניים ולאדמותיהם, הצתת שדות, עקירת מטעים ופגיעה ברכוש.

הכינוי "תג מחיר" נטבע על-ידי מתנחלים, שהסבירו את משמעותו בראיונות לאמצעי התקשורת. כך למשל, ב-24.7.08, לאחר שכוחות הביטחון פינו אוטובוס שהוצב במאחז עדי עד, צוטט בעיתון "הארץ" ראש מטה המאבק ביצהר באומרו: "על המשטרה להבין שיהיה תג מחיר גבוה מאוד לכל אירוע מסוג זה". בהמשך הוא הסביר את הפגיעה בפלסטינים כ"גילוי של אזרחות טובה שנועד לסייע למשטרה לאכוף את חוקי התכנון והבנייה באזור גם על הפלשתינאים." ב-15.11.08, בעקבות פינוי המאחז חוות פדרמן, צוטט רב ההתנחלות הר ברכה, אליעזר מלמד, באתר nrg, כדלקמן: "התברר שמדיניות תג מחיר יעילה ביותר, ומערכת הביטחון עושה הכול כדי לשוברה".

לא תמיד נערכים כוחות הביטחון מראש כדי להגן על פלסטינים מפני מעשי אלימות של מתנחלים. חוסר היערכות זה בולט בעיקר במקרים שניתן היה לחזותם מראש. ב"יום הזעם", שעליו הצהירו מתנחלים ב-3.3.11, הייתה היערכות נרחבת של כוחות הביטחון שסייעה במניעת מעשי אלימות. לעומת זאת, באירועים אחרים – כמו לאחר הריסת מבנים במאחז מגרון ב-5.9.11 – לא מנעו כוחות הביטחון את מעשי האלימות כפי שנדרש מהם. בשבוע שלאחר ההריסה הגיע לבצלם מידע על אודות עשרה אירועים שבהם פגעו מתנחלים ברכוש פלסטיני, בהם הצתת מסגד בכפר קוסרה וריסוס כתובות נאצה על קירות שני מסגדים אחרים. בחלק מהמקרים כוללת ההיערכות של כוחות הביטחון הטלת הגבלות דווקא על הפלסטינים. באפריל 2011, למשל, יידו מתנחלים אבנים על מכוניות של פלסטינים בכביש 60, לאחר ששוטרים פלסטינים הרגו את בן יוסף לבנת בקבר יוסף בשכם. בתגובה, סגר הצבא את הכביש לתנועת פלסטינים בקטע שבין צומת חווארה לג'ית.

על ישראל, ככוח הכובש בגדה המערבית, מוטלת החובה לשמור על הסדר הציבורי ועל ביטחונם של התושבים הפלסטינים. בפסק דין שעסק בחובתם של כוחות הביטחון לאפשר התנהלות סדירה של מסיק הזיתים, קבע בית המשפט העליון כי "ההגנה על ביטחונם וקניינם של התושבים המקומיים היא מהחובות הבסיסיות ביותר המוטלות על המפקד הצבאי בשטח". השופטים הוסיפו כי על מערכת הביטחון "ליתן הנחיות ברורות וחד-משמעיות לכוחות הפועלים בשטח" וכן "להקצות כוחות על מנת להגן על קניינם של התושבים הפלסטינים" (בג"ץ 9593/04, מוראר ואח' נ. מפקד כוחות צה"ל ביהודה ושומרון ואח').