השלטון הישראלי החיל את רובו של החוק הישראלי על ההתנחלויות ועל המתנחלים, ובכך סיפח אותם בפועל למדינת ישראל. זאת למרות שבאופן רשמי הגדה המערבית אינה חלק ממדינת ישראל והדין החל בה הוא החוק הירדני, המטמיע לתוכו חקיקה עות'מאנית ופסיקות של בית המשפט העליון המנדטורי, והחקיקה הצבאית. כתוצאה מסיפוח זה, נוצר בשטחים משטר של הפרדה-תוך-אפליה על-פי חוק, במסגרתו קיימות שתי מערכות משפט נפרדות באותו שטח, כאשר זכויותיו של אדם נקבעות לפי השתייכותו הלאומית.

השלטון המקומי בהתנחלויות הוקם במתכונת המקובלת בתוך ישראל ומתנהל בצורה דומה, תוך התעלמות מהחקיקה הירדנית בנושא זה האמורה לחול בגדה המערבית. ברחבי השטחים פועלות 24 רשויות מקומיות יהודיות: שלוש עיריות, 13 מועצות מקומיות ושש מועצות אזוריות, הכוללות בתחומן 121 התנחלויות המוכרות כיישובים נפרדים. בנוסף לאלה, קיימים כמאה מאחזים, שהם התנחלויות שהוקמו ללא אישור רשמי אך בתמיכה ובסיוע של משרדי ממשלה. כמו כן, ישנן 12 שכונות הוקמו בשטחים שסופחו לאחר 1967 לשטח השיפוט של עיריית ירושלים, והן נחשבות על-פי משפט הבינלאומי להתנחלויות, בהן הוחל החוק הישראלי גם באופן רשמי.

שטחי השיפוט של הרשויות המקומיות היהודיות, אשר בדרך כלל כוללים שטחים נרחבים מעבר לאזור הבנוי, מוגדרים בצווים צבאיים כ"שטח צבאי סגור", שלפלסטינים אסור להיכנס אליו בלי אישור מהמפקד הצבאי הישראלי. אזרחים ישראלים, יהודים מרחבי העולם ותיירים, רשאים להיכנס לאזור זה בלי צורך באישור מיוחד.