מאז 1967 ועד אמצע 2011 הוקמו ברחבי הגדה המערבית 124 התנחלויות ישראליות בהן הכיר משרד הפנים כיישובים. בנוסף הוקמו כמאה מאחזים, שהם התנחלויות שהוקמו ללא אישור רשמי אך בתמיכה ובסיוע של משרדי ממשלה. 12 שכונות הוקמו בשטחים שסופחו לאחר 1967 לשטח השיפוט של עיריית ירושלים, ואלו נחשבות על-פי משפט הבינלאומי להתנחלויות. הממשלה גם מימנה וסייעה בהקמת כמה מובלעות של מתנחלים בלב השכונות הפלסטיניות במזרח ירושלים, כולל ברובע המוסלמי בעיר העתיקה, בסילוואן, בשיח' ג'ראח, בהר הזיתים, בראס אל-עמוד, באבו דיס ובג'בל מוכבר 16 התנחלויות שהוקמו ברצועת עזה וארבע התנחלויות בצפון הגדה המערבית פורקו בשנת 2005, במהלך יישום "תוכנית ההתנתקות".

ישראל יצרה בשטחים משטר של הפרדה-תוך-אפליה, במסגרתו קיימות שתי מערכות משפט נפרדות באותו שטח - אחת עבור המתנחלים, המספחת דה-פקטו את ההתנחלויות לישראל ומעניקה למתנחלים זכויות של אזרחים במדינה דמוקרטית. השנייה - מערכת חוק צבאית המקפחת בשיטתיות את זכויותיהם של הפלסטינים ומונעת מהם כל השפעה ממשית על עיצוב המדיניות בנוגע למרחב שבו הם חיים ולזכויותיהם. מערכות נפרדות אלו מקבעות משטר שבו זכויותיו של אדם תלויות בהשתייכותו הלאומית.

תחת משטר זה, נגזלו מאות אלפי דונמים של אדמות מהאוכלוסייה הפלסטינית, ששימשו להקמת עשרות התנחלויות ולאכלוסן במאות אלפי אזרחים ישראלים. ישראל אוסרת על הציבור הפלסטיני בכללותו להיכנס לאדמות אלה ולעשות בהן שימוש. קיומן של ההתנחלויות גורם להפרתן של רבות מזכויות האדם של הפלסטינים, כולל הזכויות לקניין, לשוויון, לרמת חיים נאותה והזכות לחופש תנועה. השינוי הקיצוני שעשתה ישראל במפת הגדה המערבית, מונע כל אפשרות ממשית להקמת מדינה פלסטינית עצמאית ובת קיימא במסגרת מימוש הזכות להגדרה עצמית.

אוכלוסיית המתנחלים, לעומת זאת, נהנית מכל הזכויות הניתנות לאזרחי ישראל המתגוררים בתוך הקו הירוק, ובחלק מהמקרים ניתנות לה אף זכויות נוספות. המאמצים הרבים שהשקיעה ישראל במפעל ההתנחלויות - מבחינה כספית, משפטית ובירוקרטית - הפכו את ההתנחלויות למובלעות אזרחיות בתוך שטח המתנהל תחת שלטון צבאי ואת המתנחלים למעמד המועדף. כדי להנציח מצב זה, שהוא מלכתחילה בלתי חוקי, ישראל מפרה שוב ושוב את זכויות האדם של הפלסטינים.

בולט במיוחד השימוש המניפולטיבי שעושה ישראל בכלים משפטיים כדי ליצור איצטלה של חוקיות מסביב למפעל ההתנחלויות. כל עוד החקיקה הירדנית סייעה לישראל לקדם את מטרותיה, היא נאחזה בה בטענה שלפי המשפט הבינלאומי היא חייבת לפעול לפי החקיקה שהיתה קיימת בשטחים לפני הכיבוש, תוך שהיא מעניקה לה פרשנות צינית ומגמתית. אולם, כאשר חקיקה זו היתה לישראל לרועץ, היא לא היססה לבטל אותה בחקיקה צבאית ולקבוע כללים חדשים שישרתו אותה. באופן זה רמסה ישראל ברגל גסה הגבלות ואיסורים רבים שנקבעו בהסכמים בינלאומיים עליהם חתמה, אשר נועדו לצמצם את הפגיעות בזכויות האדם ולהגן על אוכלוסייה תחת כיבוש.

על רקע אי-חוקיותן של ההתנחלויות מלכתחילה, ולנוכח הפגיעות בזכויות האדם הנגזרות מקיומן, תובע בצלם מממשלת ישראל לפעול לפינוי כל ההתנחלויות. הפינוי חייב להתבצע תוך כיבוד זכויות האדם של המתנחלים, לרבות תשלום פיצויים.

ברור שפינוי כל ההתנחלויות הוא משימה מורכבת, שהשלמתה תיארך זמן. עם זאת, ישנם צעדי ביניים שניתן לנקוט לאלתר, על-מנת לצמצם ככל הניתן את הפגיעה בזכויות האדם ואת ההפרות של המשפט הבינלאומי. בין השאר, על ממשלת ישראל להפסיק כל בנייה חדשה בהתנחלויות, בין אם נעשה הדבר לצורך הקמת התנחלויות חדשות ובין אם לצורך הרחבת ההתנחלויות הקיימות; להקפיא את סלילתם של כבישים עוקפים חדשים ותכנון של כבישים כאלה, כולל הפסקה של הפקעה ותפיסה של קרקעות המיועדות לכך; להחזיר ליישובים הפלסטינים את כל השטחים הלא-בנויים שצורפו לגבולות המוניציפאליים של ההתנחלויות והמועצות האזוריות; לבטל את ועדות התכנון המיוחדות בהתנחלויות, וכפועל יוצא מכך לבטל את סמכותן של הרשויות המקומיות לערוך תכניות מתאר ולהנפיק היתרי בנייה; להפסיק את מדיניות התמריצים המעודדת אזרחים ישראלים לעבור להתנחלויות ולהפנות משאבים לעידוד מתנחלים לעבור לתוך גבולות מדינת ישראל.