ביוני 2002 החליטה ממשלת ישראל להקים את מכשול ההפרדה (גדר ההפרדה), שמטרתו המוצהרת הייתה למנוע כניסה של פלסטינים מהגדה המערבית לתוך ישראל בצורה בלתי מבוקרת. מכשול זה מורכב, ברוב האזורים, מגדר אלקטרונית שמשני צדדיה נסללו דרכים, נבנו גדרות תיל ונחפרו תעלות. רוחבו הממוצע של המכשול הוא כשישים מטרים. בכמה אזורים החליטה מערכת הביטחון להקים חומת בטון בגובה של שישה-שמונה מטרים, במקום המכשול. אורך התוואי - הבנוי כבר, זה הנמצא בבנייה וזה המתכונן - הוא 709 ק"מ, ארוך יותר מפי שניים מאורכו של הקו הירוק.

מאז החלטת הממשלה על הקמת מכשול ההפרדה, הגישו תושבים פלסטינים עשרות עתירות נגד תוואי המכשול. ביוני 2004 פסק בית המשפט העליון בעתירתם של מספר כפרים מצפון מערב לירושלים לבג"ץ נגד התוואי וקבע כי רוב התוואי שתוכנן סביב כפרים אלו אינו חוקי וכי על המדינה להציג תוואי חלופי. בעקבות פסיקה זו הורה ראש הממשלה, אריאל שרון, למערכת הביטחון לבחון מחדש את כל תוואי המכשול ובפברואר 2005 אישרה הממשלה את התוואי המתוקן.

בספטמבר 2005 פסק בית המשפט העליון כי על המדינה לתקן את תוואי המכשול סביב ההתנחלות אלפי מנשה, שקודם לפסיקה הכניס למובלעת את הכפרים הפלסטיניים ואדי ראשה וראס א-טירה. בספטמבר 2007 פסק בית המשפט העליון כי יש לתקן את תוואי המכשול סביב הכפר בילעין, באופן שיחזיר לכפר 700 דונם מאדמותיו שסופחו לטובת הרחבת ההתנחלות מודיעין עילית. גם לאחר התיקון יוותרו '1,500 דונם מאדמות בילעין מעברו המערבי של המכשול.

85% מהתוואי המתוקן של המכשול עובר בתוך שטח הגדה המערבית ולא בצמוד לקו הירוק. באזורים בהם הושלמה כבר בניית המכשול ניכרת בבירור הפגיעה הנרחבת בזכויות האדם של הפלסטינים המתגוררים בסמוך לו. המשך הקמתו בעומק שטח הגדה, בהתאם להחלטת הממשלה מפברואר 2005, 'גורמת לפגיעה נוספת בזכויות האדם של מאות אלפי תושבים.

פלסטינים הגרים בסמוך למכשול סובלים עתה מהגבלות חדשות על התנועה, בנוסף להגבלות הנרחבות החלות עליהם מאז פרצה אינתיפאדת אל-אקצא. כתוצאה מכך, אלפי פלסטינים מתקשים להגיע לשטחים החקלאיים שבבעלותם ולשווק את תוצרתם בשאר שטחי הגדה המערבית. האזורים שממערב למכשול הם בין הפוריים ביותר בגדה המערבית והפעילות החקלאית המבוצעת בהם מניבה, לפי הבנק העולמי, כ-8% מכלל התוצרת החקלאית הפלסטינית. הפגיעה בענף החקלאות מונעת תוספת הכנסה מחקלאים פלסטיניים ואינה מאפשרת גידול במספר המועסקים במגזר הנחשב למרכזי בכלכלה הפלסטינית.

ההגבלות על חופש התנועה פוגעות גם בנגישותה של האוכלוסייה הכפרית אל בתי החולים בערים הסמוכות; מערכת החינוך נפגעת בשל תלותם של בתי ספר רבים, בעיקר בכפרים, במורים המגיעים מחוץ ליישוב; קשרים משפחתיים וחברתיים נפגעים.

בתחילת חודש אוקטובר 2003 הכריז אלוף פיקוד המרכז על השטח שבין מכשול ההפרדה בצפון הגדה המערבית (שלב א') לבין הקו הירוק, כעל שטח צבאי סגור, ללא הגבלת זמן. על-פי ההוראות החדשות, כל פלסטיני מעל גיל 12 המתגורר במובלעות שנוצרו בשטח הסגור, חייב לקבל מהמינהל האזרחי "היתר תושב קבוע" כדי להמשיך ולשהות בביתו. שאר תושבי הגדה חייבים להצטייד בהיתרים מיוחדים כדי להיכנס לאותו אזור.

ישראל הקימה אמנם, לאורך קטעי המכשול שהושלמו, עשרות מחסומים ושערים דרכם יכולים בעלי היתרים לעבור. אולם, בקשותיהם של תושבים רבים להיתרי כניסה לאדמתם נדחו, אם בעילה של מניעה ביטחונית ואם בטענה שבעלותם על הקרקע, או קרבת המשפחה שלהם לבעלי הקרקע, לא הוכחה לשביעות רצונן של הרשויות הישראליות. גם קבלת היתר מהמינהל האזרחי אינה ערובה למעבר בשערים, שכן כאשר מוטל על השטחים "סגר מוחלט" בטלים כל ההיתרים.

לפי נתונים שהעבירה המדינה לאגודה לזכויות האזרח, מספר ההיתרים הקבועים שניתנו לחקלאים הגרים ממזרח למכשול לעבד את אדמתם שנותרו ממערב למכשול צנח ב-83% משנת 2006 לשנת 2009 - מ-10,037 היתרים ל-1,640 היתרים בלבד. זאת בתקופה שבה הרחיבה ישראל בכ-30% את השטח הכלוא ממערב למכשול, העומד כיום על כ-119.5 אלף דונם.

בנוסף, במקומות רבים מחייב מיקומו של השער את התושבים לנסוע כברת דרך ארוכה, לרוב בדרך בלתי-סלולה. קשיי הנגישות לאדמה והעלות הכספית הכרוכה בהם הפוכים את העיסוק בחקלאות לבלתי כדאי, ותושבים רבים אינם מיישמים את זכותם להגיע לאדמתם ומאבדים את המקור העיקרי לפרנסתם.

תוואי המכשול נקבע תוך התעלמות כמעט מוחלטת מהפגיעה הנרחבת בזכויות האדם של התושבים הפלסטינים. התוואי נקבע תוך הסתמכות על שיקולים זרים, שבינם לבין הגנה על ביטחונם של אזרחים ישראלים אין ולא כלום. אחד השיקולים המרכזיים בקביעת התוואי של מכשול ההפרדה היה הרצון לספח חלק מהגדה דה-פקטו לישראל. עם תום בנייתו של המכשול,עתידים כ-9.5% משטח הגדה, בהם שוכנות 60 התנחלויות, להימצא בצידו המערבי, ה"ישראלי", ופוליטיקאים ישראלים כבר מתייחסים לתוואי המכשול כגבולה העתידי של ישראל.

לישראל הזכות והחובה להגן על אזרחיה מפני פיגועים. אולם, הקמת מכשול ההפרדה כדרך למניעת פיגועים בתוך ישראל היא הפיתרון הקיצוני ביותר והפוגע ביותר בתושבים הפלסטינים. ישראל העדיפה פיתרון זה על פני דרכים חלופיות שעמדו לרשותה, שפגיעתן באזרחים הפלסטינים פחותה. גם אם תתקבל הטענה שאין מנוס אלא להקים את המכשול יש להקים אותו על הקו הירוק או בתוך שטחה של מדינת ישראל.