בקעת הירדן נחשבת לאחד מהאזורים העשירים ביותר במקורות מים טבעיים בגדה המערבית. לפי המשפט הבינלאומי, רוב מקורות המים באזור זה שייכים לפלסטינים וחלקם הקטן משותף לפלסטינים  לישראל. למרות זאת, ישראל השתלטה על רובם ומקצה את רוב המים הנשאבים מהם לשימוש בלעדי של מתנחלי האזור, תוך התעלמות מצרכיהם של התושבים הפלסטינים ומהמחסור הכרוני במים בשאר הגדה המערבית.

מימין: עין אל עוג'א החרב היום. צילום: אייל הראובני, בצלם, 23.3.11. משמאל: עין אל-עוג'א בימים יפים יותר. צילום: איתמר גרינברג. 

 ישראל מונעת מהפלסטינים גישה למימיו של אגן נהר הירדן, מהם תובעים הפלסטינים לקבל כמאתיים מיליון מ"ק. מפעלי מים של ישראל, ירדן וסוריה שואבים מים מחלקים שונים באגן וצמצמו את זרימת המים בנהר הירדן עצמו ב-98%, בהשוואה לזרימה הטבעית בו בשנות הארבעים של המאה הקודמת. דבר זה הביא להתייבשות חלקים מהנהר ולירידה של מטר בשנה במפלס ים המלח.

 רוב קידוחי המים הישראליים שבשטחי הגדה המערבית - 28 מתוך 42 - נמצאים בבקעת הירדן. ישראל מפיקה מקידוחים אלו כ-32 מיליון מ"ק בשנה, רובם מיועדים לשימוש ההתנחלויות ומיעוטם מסופק לכפרים פלסטינים. ישראל מספקת מים לשימושים חקלאיים בהתנחלויות גם באמצעות מאגר המים המלאכותי תרצה שהוקם במרכז בקעת הירדן וכן ממי קולחין המגיעים מהשכונות הישראליות והפלסטיניות שבמזרח ירושלים ומהתנחלויות גוש אדומים. 

 בסך הכל, כמות המים המוקצית לפחות מ-10,000 מתנחלים המתגוררים בבקעת הירדן ובצפון ים המלח מגיעה ל-44.8 מיליון מ"ק בשנה -  כמעט שליש מכמות המים הזמינה בשנה לכמעט 2.5 מיליון פלסטינים תושבי הגדה המערבית. הקצאת המים הנדיבה להתנחלויות האזור אפשרה להן לפתח חקלאות אינטנסיבית הפעילה לאורך כל עונות השנה. ההתנחלויות בבקעת הירדן נהנות גם מהקצאה של 487 ליטר ליום לנפש לצרכים ביתיים בלבד, כמות הגבוהה פי שלושה מכמות המים הנצרכת לשימושים ביתיים ביישובים בתוך ישראל.

 לעומת זאת, הפלסטינים באזור סובלים ממצוקת מים חמורה. ההשתלטות הישראלית על מקורות המים באזור ייבשה בארות פלסטיניות וצמצמה את כמויות המים המופקים מבארות וממעיינות פלסטיניים. היום מפעילים הפלסטינים 89 בארות באזור, בהשוואה ל-209 שהפעילו לפני 1967. סך המים שהפלסטינים שאבו בשנת 2008 מהבארות ומהמעיינות עמד על כ-31 מיליון מ"ק בלבד, כמות הנמוכה ב-44% מזו שהפלסטינים הפיקו באזור לפני הסכם הביניים ב-1995. הפחתת כמות המים הזמינה לפלסטינים באזור הביאה לצמצום השטחים המעובדים על-ידי חקלאים פלסטינים ולירידה בתחרותיות של גידוליהם. שיעור ניצול השטחים החקלאיים באזור יריחו הוא הנמוך ביותר בהשוואה ליתר המחוזות הפלסטיניים בגדה המערבית - 4.7% לעומת ממוצע של 25%. 

 שליטתה של ישראל ברוב שטחי האזור מונעת מהפלסטינים להעביר מים מאזורים עשירים במשאב לקהילות פלסטיניות מרוחקות וכן ליישובים פלסטיניים מחוץ לבקעה. כתוצאה מכך, צריכת המים בחלק מהיישובים הפלסטיניים בבקעת הירדן נמוכה בכ-40% מהכמות המינימאלית המומלצת לצריכה יומית לפי ארגון הבריאות העולמי, שהיא מאה ליטר ליום. הצריכה בקהילות בדואיות קטנות, המנותקות מאספקת מים, עומדת על עשרים ליטר בלבד, כמות שארגון הבריאות העולמי מגדיר כמספיקה "להישרדות לטווח קצר" באזורי אסון הומניטאריים דוגמת דרפור או האיטי לאחר רעידת האדמה.