בדצמבר 1995, בלי התראה מוקדמת, שינה משרד הפנים את מדיניותו, בטענה כי תושבות קבע, שלא כמו אזרחות, היא עניין של מציאות חיים, וכאשר המציאות משתנה, הרשיון המעניק תושבות קבע פוקע. לפיכך, כל הפלסטינים שהתגוררו מחוץ לגבולות העיר במשך מספר שנים, איבדו את זכותם להתגורר בעיר, ומשרד הפנים הורה להם לעזוב את בתיהם. העובדה שאנשים אלה חזרו במהלך השנים לירושלים, ושמשרד הפנים חידש בעקביות את רשיונות היציאה שלהם, והעניק להם שירותים נוספים, הפכה לחסרת משמעות ומשרד הפנים החל לדרוש הוכחות לקיום "מרכז חיים" בעיר. רף ההוכחה שקבע המשרד היה גבוה, וכלל רשימה ארוכה של מסמכים. לפי נתונים רשמיים, תושבות הקבע של למעלה מ-3,000 אנשים "פקעה" מאז דצמבר 1995.

במארס 2000 הגיש שר הפנים, נתן שרנסקי, תצהיר לבג"צ בו הודיע על הפסקת מדיניות "הטרנספר השקט." לפי התצהיר, ישוב משרד הפנים לנהוג לפי המדיניות שהנחתה אותו לפני דצמבר 1995: כל תושבי מזרח ירושלים שיחזרו לחדש את כרטיס היוצא שלהם במועד, ישמרו על מעמדם כתושבי קבע, גם אם הם מתגוררים בירדן או בארץ אחרת. מעמד תושב הקבע לא יישלל גם מתושבי ירושלים שעברו להתגורר בפרברי ירושלים או במקומות אחרים בגדה המערבית, שאינם זקוקים לכרטיס יוצא. בתצהיר נקבע גם שמעמד התושבות יוחזר לאלה שנשלל מהם, בתנאי שהם שוהים לפחות שנתיים בירושלים .

בנוסף, החזיר משרד הפנים את מעמד התושבות למאות פלסטינים שמעמדם נשלל בשנים בהן הייתה מדיניות זו בתוקף.

אולם, בשנים שחלפו המשיך משרד הפנים לשלול את מעמד התושבות מפלסטינים תושבי מזרח ירושלים, בעיקר במקרים של קבלת אזרחות או תושבות קבע במדינה אחרת. בשנת 2008 נשללה התושבות ממספר שיא של 4,577 פלסטינים ואילו בשנת 2011 שלל המשרד את מעמד התושבות מ-101 פלסטינים. לנתונים מפורטים הקליקו כאן.