ב-6.10.05 קבע בג"ץ כי השימוש באזרחים פלסטינים במסגרת פעילות צבאית הוא בלתי-חוקי. פסק-הדין ניתן בעתירה שהוגשה בשנת 2002 על-ידי שבעה ארגונים לזכויות האדם, בהם בצלם, לאחר שמאז תחילת אינתיפאדת אל-אקצא, ובמיוחד במהלך כניסת כוחות צה"ל לתוך ריכוזי אוכלוסייה פלסטינית כמו מבצע חומת מגן, השתמשו חיילי צה"ל באזרחים פלסטינים כבמגינים אנושיים.

שיטת הפעולה היתה אחידה - תפיסת אזרח, שנבחר באופן אקראי, כדי שיגן בגופו על החיילים ויבצע עבורם משימות מסוכנות. בין השאר, הורו חיילי צה"ל לאזרחים פלסטינים:

• להיכנס לתוך מבנים על-מנת לבדוק אם הם ממולכדים או כדי להוציא מהבית את הדיירים,
  
  
• לפנות חפצים חשודים מהכביש,
  
  
• לעמוד בתוך בתים שחיילים הפכו לעמדות צבאיות כדי למנוע מפלסטינים לירות עליהם,
  
  
• לצעוד לפני החיילים בכדי להגן על עצמם מפני ירי, בעוד החיילים מכוונים נשק אל גבם של "המגינים" ובחלק מהמקרים אף יורים מעבר לכתפיהם.

השימוש באזרחים כבמגינים אנושיים לא היה יוזמה פרטית של חיילים בשטח. ההוראה להשתמש באזרחים כאמצעי הגנה התקבלה בדרגים צבאיים בכירים.

באוגוסט 2002 נהרג נידאל אבו מחייסן, בן 19, בכפר טובאס, מירי פלסטינים בעת שחיילים כפו עליו לשמש להם מגן אנושי ופלסטינים ירו על החיילים.

למרות פסיקת בג"ץ ופקודות הצבא שהוצאו לפניה ובעקבותיה, המשיך הצבא להשתמש בפלסטינים כבמגינים אנושיים, אם כי מספר המקרים פחת. במהלך שנת 2007, למשל, תיעד בצלם 14 מקרים כאלה. בצלם פנה לפרקליטות הצבאית בדרישה לחקור את המקרים. ממעקב בצלם עולה כי מצ"ח פתחה בחקירה בנוגע ל-13 מהמקרים, וכי 2 מקרים נמצאים עדיין בחקירה, ב-7 נסגר התיק ו-4 הועברו לעיון פרקליט.

במהלך מבצע "עופרת יצוקה", שהתנהל ברצועת עזה בינואר 2009 הגיע לבצלם ולארגונים נוספים מידע על מקרים שבהם השתמשו חיילים בפלסטינים כמגנים אנושיים. במקרה אחד אף הועמדו שני חיילים לדין לאחר שהורו לילד בן 9, באיומי נשק, לפתוח תיק שחשדו כי הוא ממולכד. הם נידונו לשלושה חודשי מאסר על תנאי ולהורדה מדרגת סמ"ר לדרגת סמל.

על צה"ל לכבד את פסיקת בג"ץ, לתרגם את פסק הדין לפקודות ותדריכים ברורים, להנחות את מפקדיו להעביר את האיסור שקבע בג"ץ לחיילים בשטח, ולהבהיר להם כי אסור בהחלט להשתמש באזרחים לביצוע משימות צבאיות . כמו כן, על הפרקליטות הצבאית להורות על חקירת מצ"ח בכל מקרה בו משתמשים חיילים בפלסטינים כבמגינים אנושיים, ובכלל זה לחקור, ולהעמיד לדין במידת הצורך, אף את הדרג הבכיר.