על אף ריבוי הגורמים המשפיעים על המצב הכלכלי בשטחים, דומה כי אין חולק על כך שההגבלות הגורפות שמטילה ישראל מאז שנת 2000 על חופש התנועה בשטחים הן אחד הגורמים העיקריים להידרדרותה של הכלכלה הפלסטינית ולעלייה בשיעורי האבטלה והעוני באזור.

כתוצאה מהסגר המוחלט שהטילה ישראל על השטחים עם תחילת אינתיפאדת אל-אקצא, איבדו עשרות אלפי פלסטינים את מקומות עבודתם בישראל. לפני האינתיפאדה הנוכחית הועסקו בישראל ובהתנחלויות כ-110,000 פלסטינים, שהם כרבע מכוח העבודה בשטחים. מאז, משתנה מספר הפלסטינים הנכנסים לישראל לעבוד מעת לעת, בהתאם למספר האישורים שמנפיקה ישראל ולמידה בה נאכף הסגר. עם זאת, מספרם מצומצם מאוד בהשוואה למספר הפלסטינים שהועסקו בישראל קודם לכן.

בגדה המערבית עצמה, הגבלות התנועה פוגעות פגיעה קשה ביכולתם של רבים להגיע למקומות העבודה וכן באפשרות לשנע סחורות בין אזורים שונים. כתוצאה מכך חלה עלייה במחירי ההובלה, דבר המשפיע על מתח הרווחים של היצרנים. הסחר בין האזורים השונים בגדה הפך יקר, בלתי ניתן לחיזוי ולא יעיל. אחת מתוצאותיו הבולטות של מצב זה היא פיצול השוק הכלכלי בגדה לשווקים מקומיים וקטנים יותר. הגבלות על גישת חקלאים מהגדה אל אדמותיהם שב"מרחב התפר" ובבקעת הירדן הביאו לפגיעה קשה בענף החקלאות באזורים אלו. ענף התיירות, שהחל לשגשג בגדה לאחר הסכמי אוסלו, סובל אף הוא מפגיעה משמעותית, בשל אי יכולתם של תיירי פנים פוטנציאליים לנוע מאזור לאזור בגדה ולהגיע לאתרי הנופש.

זאת ועוד, ההגבלות שישראל מטילה על המעברים המסחריים בין הגדה המערבית לבין ישראל פוגעות אנושות בקשרי המסחר של יבואנים ויצואנים פלסטינים עם שאר העולם. כתוצאה מכך נפגעים גם תהליכי ייצור רבים התלויים בחומרי גלם מיובאים. פגיעה זו חמורה במיוחד על רקע התלות המכרעת של המשק הפלסטיני בסחר החוץ, המהווה כ-80% מהתוצר המקומי הגולמי. כתוצאה מסגירת המעברים נפגע גם המסחר הפנימי בשטחים, בין הגדה המערבית לרצועת עזה.

ישראל שולטת גם בכל התנועה מעזה ואליה, ובכלל זה בייבוא ובייצוא סחורות. סחר החוץ של עזה מתנהל כמעט אך ורק עם ישראל או דרך נמליה. אולם, מאז השתלטות חמאס על הרצועה ביוני 2007, נתונה עזה במצור. לאחר השתלטות החמאס, שינתה ישראל את הסדרי התנועה בחמשת מעברי הגבול של עזה שבשליטתה (ארז, קרני, נחל עוז, סופה וכרם שלום) ולהוציא חריגים מעטים, שוב אין היא מתירה מעבר של אנשים או סחורות בין עזה לישראל. מעבר קרני, שהוא "עורק החיים של הרצועה" שכן דרכו עובר רוב רובן של הסחורות המיובאות לעזה והמיוצאות ממנה, הושבת כמעט לחלוטין. כתוצאה מכך שותקו ושובשו ענפי מסחר רבים והמשבר הכלכלי ממנו סובלים תושבי הרצועה הולף ומחריף. '

ההגבלות שמטילה ישראל על תנועת עובדים וסחורות בשטחים הן, בדרך כלל, גורפות ואינן מוגבלות בזמן. בשל השלכותיה הקשות על האוכלוסייה, מדיניות זו מהווה הפרה של מגוון זכויות אותן מחויבת ישראל לכבד על-פי האמנה הבינלאומית בדבר הזכויות הכלכליות, החברתיות והתרבותיות: זכותו של כל אדם להתפרנס בכבוד, הזכות לרמת חיים נאותה, לרבות תזונה, לבוש ודיור נאותים, והזכות ליהנות מרמת הבריאות הפיזית והנפשית הגבוהה ביותר שניתן להשיגה.