עמדת ישראל
סמכותה של ישראל, כמדינה כובשת, לסגור את השטחים ולקבוע מי ייכנס אליהם, אינה מוטלת בספק, כל עוד נעשה הדבר לצרכי ביטחון האזור ו/או לצרכי ממשל תקין ולטובת אוכלוסיית השטח הכבוש. אולם ישראל ניצלה סמכות זו על-מנת למנוע איחוד משפחות של תושבי השטח הכבוש עם בני זוגם וילדיהם. עמדתה העקבית של ישראל מאז ומתמיד היא שאיחוד משפחות בשטחים אינו בבחינת זכות מוקנית, כי אם "מעשה חסד מיוחד של הרשויות הישראליות". על סמך תפישה זו יישמה ישראל, עד תחילת האינתיפאדה השנייה, מדיניות נוקשה ובלתי סבירה בכל הנוגע לטיפול בבקשות לאיחוד משפחות ולרישיונות ביקור. מדיניות זו גרמה, במקרה הטוב, לעיכובים של שנים ארוכות עד שבקשות אושרו, ובמקרה הרע, לשלילה מוחלטת של זכותן של משפחות לחיות יחד בשטחים. מיד עם פרוץ האינתיפאדה השנייה קבעה ישראל מדיניות חדשה האוסרת לחלוטין על איחוד משפחות בשטחים, מדיניות המיושמת עד היום. מאז המדיניות החדשה הפסיקה ישראל לקבל בקשות חדשות לאיחוד משפחות והקפיאה את טיפולה בבקשות שהועברו אליה על-ידי הרשות הפלסטינית לפני האינתיפאדה, למעט במקרים יוצאי דופן. רוב הפניות למינהל האזרחי, בשמן של משפחות שהגישו בקשות לאיחוד משפחות, בדרישה כי זה יאשר את הבקשות, נתקלו בסירוב מוחלט. יתרה מזאת, במקרים רבים בהם אושרה הבקשה עוד לפני שינוי המדיניות, אך האדם שהבקשה הוגשה עבורו טרם נכנס לשטחים, מנעה ישראל את מימוש איחוד המשפחה בפועל בכך שסירבה להנפיק עבורו רישיון ביקור.
במקרים בודדים הסכימו הרשויות הישראליות לטפל בבקשות, וזאת בעיקר בעקבות עתירות לבג"ץ. הנימוק לטיפול בבקשות אלה היה כי מדובר במקרים "הומניטאריים חריגים". עם זאת, נמנעה ישראל בעקביות מציון הקריטריונים שלפיהם היא מגדירה מקרים מסוימים באופן כזה.
ישראל לא טרחה להסביר איזו מטרה נועדה לשרת המדיניות החדשה, והסתפקה באמירה כי "...בשל האירועים של העת האחרונה [פרוץ האינתיפאדה השנייה] הופסק הטיפול בבקשות לאיחוד משפחות באזור יהודה ושומרון...".
מאז ומתמיד טענו נציגי המדינה כי אישור בקשות לאיחוד משפחות מהווה בעיה "בעלת השלכות ביטחוניות", אולם הם מעולם לא טרחו לפרט מהן ההשלכות הללו. יש להדגיש כי רק במקרים בודדים נימק הממשל הצבאי דחיית בקשה לאיחוד משפחות בטעמים ביטחוניים. בנוסף לכך, במקרים רבים בהן נדחו בקשות לאיחוד משפחות עבור בני זוג, לפני הנהגת המדיניות החדשה, אפשרו הרשויות לאותם בני זוג להיכנס לשטחים לביקורים באופן קבוע, מבלי שכניסתם לשטחים נתפסה כאיום ביטחוני. מאז הונהגה המדיניות החדשה גם האפשרות של ביקורים אינה קיימת עוד.
מדבריהם של נציגי המדינה עולה כי מטרת הסירוב לבקשות לאיחוד משפחות הינה מטרה דמוגראפית מובהקת: למנוע את גידולה של האוכלוסייה הפלסטינית בשטחים באמצעות הגבלת הגירה של בני זוג אל השטחים, ועידוד הגירה של משפחות פרודות אל מחוץ לשטחים, ובדרך זו להשפיע על ההרכב הדמוגראפי בשטחים. המדינה אינה מנסה להסתיר כי השיקול הדמוגראפי הוא אחד מהשיקולים המכתיבים את מדיניותה בנוגע לאיחוד משפחות, וגורמים רשמיים שונים הצהירו על כך בהזדמנויות שונות.
כך, למשל, תא"ל אילן פז, מי שהיה עד סוף 2005 ראש המינהל האזרחי בגדה המערבית, אמר לנציגי בצלם והמוקד להגנת הפרט, בפגישה מיוני 2006, כי "שאיפת ישראל על כל ממשלותיה היא מאז ומתמיד להגביל את מספר הפלסטינים בשטחים. השקולים הם גיאוגרפיים ודמוגראפיים ומי שיאמר ששיקולים אלה לא קיימים משקר".בהזדמנויות שונות טענה פרקליטות המדינה בפני בית-המשפט כי ריבוי הבקשות לאיחוד משפחות הוא "בעיה סבוכה בעלת השלכות ביטחוניות, מדיניות וכלכליות." כאמור, ישראל מעולם לא הסבירה מהן השלכות אלה.
נציגי הפרקליטות היו מודעים היטב לכך שהמדיניות השוללת איחוד משפחות תאלץ בני זוג הרוצים לחיות יחד להגר מהשטחים לחו"ל. הפתרון שהציעו לאדם המבקש איחוד משפחות היה לצאת ולחיות עם משפחתו מחוץ לשטחים "למשפחות במצב כזה ניתן להתאחד מחוץ לאזור [...], על- ידי יציאת בן הזוג המקומי אל מחוץ לאזור, למקום מושבו של בן-הזוג הזר."