לאחר כיבוש השטחים, ב-1967, הכריזה ישראל על הגדה המערבית ועל רצועת עזה כשטחים סגורים, אשר כל כניסה ויציאה מהם כפופה לאישור מפקד צבאי. בעקבות מיפקד אוכלוסין שערכה ישראל בשטחים לאחר מכן, ניתנה תושבות קבע בשטחים לכל אדם מעל גיל 16, אשר התגורר בשטחים ואשר נכח בהם בעת עריכת המפקד. ישראל שללה את הזכות להתגורר בשטחים מכל תושבי השטחים אשר לא שהו בהם בעת עריכת המפקד. מדובר בלמעלה מ-300,000 פלסטינים אשר גורשו מהשטחים או עזבו אותם במהלך מלחמת 1967 או מיד לאחריה (רובם לירדן), או בכאלה אשר שהו בארצות אחרות בעת המלחמה.

גם מי שקיבל מעמד של תושב קבע, עלול היה לאבד אותו. ישראל נהגה, בין היתר, לשלול את מעמד התושבות בשטחים מתושבים אשר שהו מחוץ לשטחים לתקופה של למעלה משלוש שנים בלי לחדש את רישיונות היציאה שלהם. במהלך השנים שללה ישראל על בסיס זה את תושבותם של למעלה מ-100,000 איש.

מאז כיבוש השטחים טענו נציגי המדינה כי אישור בקשות לאיחוד משפחות מהווה בעיה "בעלת השלכות ביטחוניות", מבלי שטרחו לפרט מהן ההשלכות הללו. אולם, מדבריהם של נציגי המדינה עולה כי הסירוב האמיתי לבקשות לאיחוד משפחות נועד לשרת מטרה דמוגרפית מובהקת: למנוע את גידולה של האוכלוסייה הפלסטינית בשטחים באמצעות הגבלת הגירה של בני זוג אל השטחים ולעודד הגירה של משפחות אל מחוץ לשטחים.

שלילת הזכות להתגורר בשטחים ממאות-אלפי פלסטינים גרמה לפיצולן של משפחות פלסטיניות רבות. נישואים בתוך המשפחה המורחבת הם תופעה נפוצה בחברה הפלסטינית ודפוסים אלה הוסיפו להתקיים גם כאשר גבולות מדיניים הפרידו בין בני המשפחה. בקרב תושבי השטחים קיים שיעור גבוה של קשרי נישואין עם פלסטינים מאותה משפחה מורחבת המתגוררים בחו"ל, בהם פליטי 1967 וצאצאיהם של פליטי 1948. נישואין כאלה הם חלק משגרת חייה של כל משפחה כמעט בשטחים.

ישראל בחרה להתעלם ממציאות זו ויישמה במהלך השנים מדיניות נוקשה בכל הנוגע לאיחוד המשפחות. עמדתה העקבית של ישראל היא שאיחוד משפחות בשטחים אינו בבחינת זכות המוקנית לפלסטינים, כי אם "מעשה חסד מיוחד של הרשויות הישראליות" (הודעת המדינה, בג"ץ 4494/91). על סמך תפישה זו, ישראל מיעטה לאשר בקשות לאיחוד משפחות שהגישו תושבי השטחים ומנעה כמעט לחלוטין מתושבי השטחים את האפשרות להתאחד עם בני זוגם. הסמכות לאשר איחוד משפחות נותרה באופן בלעדי בידי ישראל גם במסגרת הסכמי אוסלו, למרות שסמכויות אזרחיות אחרות הועברו לרשות הפלסטינית.

עם פרוץ האינתיפאדה השנייה, הקפיאה ישראל לחלוטין את הטיפול בבקשות לאיחוד משפחות שהוגשו קודם לכן וסירבה לקבל בקשות חדשות. כתוצאה מההקפאה, הצטברו מאז שנת 2000 במשרד הפנים הפלסטיני למעלה מ-120,000 בקשות לאיחוד משפחות, שבהן סירבו הרשויות הישראליות לטפל. בשל הקפאת הטיפול בבקשות לאיחוד משפחות נמנעו חלק מהפלסטינים מהגשת בקשות, ולכן מספרם של תושבי השטחים שנישאו לבני זוג שאינם תושבי השטחים ואשר זקוקים לאישורה של ישראל כדי לחיות יחד בשטחים עלול להיות גבוה בהרבה.

ישראל לא טרחה להסביר מדוע הוקפא הטיפול בבקשות אלה והסתפקה באמירה כי "בשל האירועים של העת האחרונה [פרוץ האינתיפאדה השנייה] הופסק הטיפול בבקשות לאיחוד משפחות באזור יהודה ושומרון..."

במהלך שנת 2007 הגיש המוקד להגנת הפרט עשרות עתירות פרטניות בשמם של תושבי השטחים שבקשתם לאיחוד משפחות לא טופלה וכן עתירה עקרונית, שאליה הצטרפו ארגוני זכויות אדם נוספים, בדרישה שישראל תחזור לטפל בבקשות לאיחוד משפחות. בעקבות הגשת העתירות, הודיעה המדינה כי תסכים לבחון 12,000 בקשות לאיחוד משפחות, כ"מחווה מדינית" לממשלה הפלסטינית בראשותו של אבו מאזן. ערב הדיון בעתירה, באוקטובר 2008, הודיעה המדינה כי תגדיל מכסה זו כך שתעמוד על 50,000 בקשות. המדינה הודיעה לבית המשפט כי הרשות הפלסטינית העבירה אליה עד אז 32,000 בקשות, מתוכן אושרו 23,000 ושאר הבקשות טרם נבחנו. בעקבות הודעה זו דחה בית המשפט את העתירה.

מאז דחה בג"ץ את העתירה שוררת אי בהירות לגבי האופן בו מטפלת ישראל בבקשות, אם בכלל.

נוכח הקפאת הטיפול בבקשות לאיחוד משפחות, נאלצים בני זוג שרק אחד מהם הוא תושב שטחים לבחור בין שתי אפשרויות לחיים משותפים: האחת, לעזוב את השטחים ולעבור להתגורר יחד עם בן הזוג מחוץ לשטחים. השנייה, במקרה שבן הזוג שאינו תושב נכנס כבר לשטחים, היא לחיות בשטחים ללא מעמד משפטי מוסדר. אפשרות זו גוזרת על בני הזוג ועל ילדיהם חיים במחתרת, תוך פחד מתמיד מגירוש, מעצר וקנסות.