החוק הישראלי והחקיקה הצבאית הישראלית החלה בגדה המערבית מתירים במפורש מעצר מנהלי ומסדירים את השימוש בכלי זה.

הצו בדבר מעצרים מנהליים

המעצרים המנהליים בגדה המערבית, לא כולל מזרח ירושלים, מבוצעים היום לפי צו בדבר מעצרים מנהליים מס' 1591 משנת 2007, שהחליף צו קודם משנת 1988. הצו מסמיך מפקדים צבאיים בגדה המערבית לעצור אדם לתקופה מרבית של שישה חודשים, כאשר ישנו "יסוד סביר להניח שטעמי ביטחון האזור או ביטחון הציבור" מחייבים זאת. המפקדים הצבאיים רשאים להאריך את תוקף צו המעצר לתקופה נוספת שלא תעלה על שישה חודשים. בצו לא נקבעה תקופה מצטברת מרבית להחזקת אדם במעצר מנהלי, ולפיכך ניתן להאריך את המעצר שוב ושוב.

הצו מכונן מנגנון של ביקורת שיפוטית. בתוך שמונה ימים מיום המעצר או מיום הארכתו, יש להביא את העציר בפני שופט צבאי בדרגת רב-סרן ומעלה כדי שיבחן את צדקת המעצר. השופט רשאי לאשר את הצו, לבטלו, או לקצר את תקופת המעצר הקבועה בו. על החלטתו יכולים לערער הן העציר והן המפקד הצבאי בפני שופט של בית המשפט הצבאי לערעורים.

הדיונים בשתי הערכאות מתקיימים בדלתיים סגורות. בדיונים אלה מותר לשופט לסטות מדיני הראיות הרגילים, ובפרט הוא רשאי "לקבל ראיה אף שלא בנוכחות העציר או בא כוחו או בלי לגלותה להם" אם שוכנע שגילוי הראיה עלול "לפגוע בביטחון האזור או בביטחון הציבור".

העציר והתביעה הצבאית רשאים לעתור לבג"ץ נגד החלטתו של שופט בית המשפט לערעורים. לביקורת על מעצר מנהלי מכוח הצו בדבר מעצרים המנהליים

חוק סמכויות שעת חירום (מעצרים)

חוק סמכויות שעת-חירום (מעצרים) משנת 1979 הוא חלק מן החקיקה הישראלית. חוק זה נועד להחליף את ההסדר בנוגע למעצר המנהלי שנקבע על ידי הבריטים בתקנות שעת חירום. החוק תקף רק לאחר שהכנסת הכריזה על מצב חירום, אך מצב כזה מוכרז בישראל מאז הקמת המדינה.

החוק מסמיך את שר הביטחון לעצור אדם במעצר מנהלי לתקופה שלא תעלה על חצי שנה. גם חוק זה מאפשר הארכה של צווי המעצר בחצי שנה נוספת בכל פעם, ללא הגבלה על מספר ההארכות. עם זאת, בחוק זה ניתנות לעציר הגנות שלא ניתנות לו בצו המעצרים המנהליים, בעיקר בנוגע למשך הזמן המרבי שיעבור לפני הבאתו בפני שופט ולתדירות הביקורת השיפוטית.

חוק זה מאפשר החזקה במעצר מנהלי הן של תושבי ישראל, הן של תושבי שטחים שנכבשו בידי ישראל והן של תושבי מדינות אחרות. לאורך השנים השתמשה בו ישראל כדי לעצור ישראלים, אזרחי מדינות ערב - בעיקר לבנונים - ובמקרים מסוימים, גם תושבי הגדה המערבית ורצועת עזה.

חוק כליאתם של לוחמים בלתי חוקיים

חוק כליאתם של לוחמים בלתי חוקיים משנת 2002 מסדיר כליאה של אזרחים העוסקים בלחימה נגד ישראל ואינם זכאים על-פי המשפט ההומניטארי הבינלאומי למעמד של שבויי מלחמה. החוק קובע כי "לוחם בלתי חוקי" הוא כל אדם שהשתתף בפעולות האיבה נגד מדינת ישראל, ולו בעקיפין, וכן כל אדם המשתייך לכוח הלוחם נגד ישראל.

החוק מאפשר להחזיק אנשים אלה במעצר מנהלי ללא הגבלת זמן אם לדעת הרמטכ"ל, או קצין בדרגת אלוף שהוסמך לכך, שחרורם יפגע בביטחון המדינה. המעצר מסתיים כאשר הרמטכ"ל סבור כי העציר אינו עונה עוד על ההגדרה של "לוחם בלתי חוקי" או כי שחרורו לא יפגע בביטחון המדינה.

החוק קובע כי אחת לחצי שנה תתקיים ביקורת שיפוטית בפני שופט בית המשפט המחוזי. בדיונים אלה רשאית המדינה לעשות שימוש בשתי חזקות משפטיות הקבועות בחוק:

1. שחרור העציר יפגע בביטחון המדינה.

2. קביעת שר הביטחון כי ארגונו של העציר לוחם נגד ישראל היא בגדר הוכחה.

חוק זה משמש כיום כדי לעצור ללא משפט פלסטינים תושבי רצועת עזה. בעבר עצרה ישראל מכוחו גם אזרחים לבנונים. בשנת 2008 תוקן החוק, כך שיאפשר מעצר ממושך ללא משפט של רבים באופן מהיר וגורף כאשר הממשלה מכריזה על קיומן של "פעולות לחימה בהיקף נרחב". לביקורת על חוק כליאתם של לוחמים בלתי חוקיים