הבסיס למעצר מנהלי במשפט הבינלאומי
על-פי המשפט הבינלאומי, ניתן לעצור אנשים במעצר מנהלי רק במקרים חריגים ביותר, כאמצעי אחרון שנועד למנוע סכנה שלא ניתן לסכלה באמצעים פחות פוגעניים.
משפט זכויות האדם הבינלאומי
הזכות לחירות היא מאבני היסוד של זכויות האדם ומעצר שרירותי ממושך נחשב להפרה של החוק המנהגי הבינלאומי.
בסעיף 9 לאמנה הבינלאומית בדבר זכויות אזרחיות ופוליטיות נקבע כך: "א. לכל אדם שמורה הזכות לחירות אישית ולביטחון אישי. לא יהיה אדם נתון במעצר או במאסר שרירותיים. לא תישלל חירותו של אדם אלא מטעמים ובהתאם להליכים שנקבעו בחוק. ב. אדם שנעצר, יודיעוהו בעת מעצרו על הנימוקים למעצרו וכן יודיעוהו ללא דיחוי על כל אשמה המועלית נגדו. [...] ד. אדם אשר חירותו נשללה באמצעות מאסר או מעצר יהיה זכאי לנקוט הליכים בבית משפט, כדי שבית משפט זה יוכל ללא דיחוי להחליט בדבר חוקיות מעצרו ולצוות על שחרורו אם המעצר אינו חוקי."
על-פי סעיף 4(א) לאמנה, הוראותיה אינן מוחלטות ו"בשעת חירום כללית המאיימת על חיי האומה" רשאית המדינה לפגוע במידה מוגבלת בזכויות המעוגנות בחלק מהסעיפים, כולל בסעיף המעגן את הזכות לחירות. עם זאת, גם אז המדינה מוגבלת ומותר לה לנקוט אמצעים חיוניים בלבד ורק "במידה הנדרשת במדוקדק מפאת חומרת המצב".
סעיף 4(ג) קובע כי מדינה המבקשת לגרוע מהתחייבויותיה על-פי האמנה חייבת להודיע על כך מראש למזכ"ל האו"ם. ואמנם, בעת אשרור האמנה הצהירה ישראל כי מיום הקמתה היא נמצאת במצב חירום וכי ככל שאמצעי מעצר ומאסר שהיא נוקטת מתוקף מצב זה "אינם מתיישבים עם סעיף 9 לאמנה, הרי גורעת מדינת ישראל מהתחייבותה על-פי הוראה זו". בין השאר, מסתמכת ישראל על הכרזתה זו כדי להצדיק את השימוש שהיא עושה במעצר מנהלי.
ועדת זכויות האדם של האו"ם, שהוקמה מכוחה של אמנה זו ואחראית על בחינת הדרך שבה מדינות מיישמות אותה, הביעה ספק בנוגע לאפשרות להצדיק באמצעות הכרזה זו את השימוש במעצר מנהלי במסגרת האמנה. ב-2003, בתגובה להודעת ישראל כי משרד המשפטים עורך בדיקה מקיפה האם ישנה עדיין הצדקה להכרזה על "מצב חירום", קבעה הוועדה כי יש להשלים בדיקה זו בהקדם האפשרי. בנוגע לשימוש במעצר מנהלי קבעה הוועדה כדלהלן: "הוועדה מודאגת מן השימוש התכוף בצורות שונות של מעצר מנהלי, בייחוד של פלסטינים מהשטחים הכבושים, שגוררות הגבלות על הגישה לייעוץ משפטי ועל חשיפת הסיבות המלאות למעצר. מאפיינים אלה מגבילים את יעילותה של הביקורת השיפוטית, ולכן... גורעים מסעיף 9 באופן נרחב יותר מן המותר לתפיסתה של הוועדה לפי סעיף 4."
המשפט ההומניטארי הבינלאומי
מעצר מנהלי הוא האמצעי הקיצוני ביותר שהמשפט ההומניטארי הבינלאומי מתיר לכוח הכובש לנקוט כלפי תושבי השטח הכבוש. מאחר שמדובר באמצעי חריג וקיצוני, השימוש באמצעי זה כפוף לתנאים מחמירים.
על-פי סעיף 78 לאמנת ג'נבה הרביעית: "הייתה המעצמה הכובשת סבורה שיש צורך, מטעמי הכרח של ביטחון, לנקוט אמצעי ביטחון כלפי מוגנים, רשאית היא, לכל היותר, לייחד להם מקום מגורים או לעצרם. החלטות בנוגע לייחוד מקום מגורים או למעצר, כאמור לעיל, יתקבלו לפי נוהל סדיר שתקבע המעצמה הכובשת בהתאם להוראות האמנה הזאת. נוהל זה יכלול את זכות הערעור של הצדדים הנוגעים בדבר. החלטות על ערעורים יינתנו בהקדם האפשרי. אושרו ההחלטות, הן יהיו נתונות, מתקופה לתקופה, ואם אפשר - כל שישה חדשים - לעיון מחודש מטעם גוף מוסמך שיוקם על-ידי המעצמה האמורה."
בפרשנות של הצלב האדום הבינלאומי לסעיף זה נקבע כי ההיתר לעצור תושבים מהשטח הכבוש מטעמי ביטחון הוא חריג שבחריג, ומדינות אינן רשאיות להפעילו באופן נרחב: "סעיף 78 עוסק בטעמי ביטחון חיוניים. אסור להשתמש באמצעים קולקטיביים: יש לדון בכל מקרה בנפרד... בכל מקרה, יש להורות על שימוש באמצעים כאלה רק כאשר קיימים טעמי ביטחון ממשיים וחיוניים; טבעם החריג חייב להישמר."
על-פי סעיף זה, מעצר מנהלי לעולם אינו יכול להוות תחליף להליך פלילי. לכן, הרצון לשמור על חיסיון ראיות או הטענה שאין די ראיות להעמיד את אותו אדם לדין אינם יכולים להצדיק מעצר מנהלי.
שופטי בית המשפט העליון הסכימו באופן עקרוני לכך שמעצר מנהלי של פלסטינים חייב להיעשות לפי כללים אלה. הם קבעו כי סעיף 78 מאפשר מעצר "צופה פני עתיד", למטרות מניעה ובשום מקרה לא לצורך ענישה. השופטים הדגישו כי מעצר מנהלי ייעשה רק כאשר הסכנה נשקפת מהאדם עצמו ורק כאשר המעצר יסייע בהסרת הסיכון. לכן, אסור להשתמש בחריג הקבוע במשפט ההומניטארי הבינלאומי לצורך הרתעה כללית או נגד אדם שהיה מסוכן בעבר ושוב לא נשקפת ממנו כל סכנה. בית המשפט העליון קבע גם כי המעצר המנהלי, כמו כל אמצעי אחר, כפוף לעקרון המידתיות. לכן, אין להשתמש בו אלא כאשר אין אפשרות למנוע את הסכנה האמורה בהליך משפטי פלילי או בצעד מנהלי שפגיעתו בזכויות האדם חמורה פחות.
על-פי פרשנות הצלב האדום, סעיף 78 מאפשר לבצע מעצר לצרכי מניעה רק "בתוך גבולות הארץ הכבושה עצמה", ולא בתחומה של המדינה הכובשת. זאת, נוכח הוראת סעיף 49 לאמנת ג'נבה הרביעית האוסר, בין השאר, על העברה של מוגנים אל מחוץ לשטח הכבוש, ובכלל זה החזקה של עצירים ואסירים בבתי כלא הממוקמים בתוך שטח המדינה הכובשת.