חוק כליאתם של לוחמים בלתי חוקיים בעייתי גם במישור העקרוני.

החוק נחקק על מנת לעקוף את החלטת בית המשפט העליון משנת 2000 שבה נפסק כי המדינה אינה רשאית להחזיק באזרחים לבנונים במעצר מנהלי כ"קלפי מיקוח" לצורך החזרת שבויים ישראלים, כאשר לא נשקפת מהם כל סכנה. בין העצירים שהוחזקו כך היו מוסטפא דיראני והשיח' עבד אל-כרים עובייד. כדי לאפשר בכל זאת את המשך מעצרם, חוקקה הכנסת בשנת 2002 את חוק כליאתם של לוחמים בלתי חוקיים.

החוק מסדיר כליאה עבור אזרחים העוסקים בלחימה נגד ישראל ואינם זכאים על-פי המשפט ההומניטארי הבינלאומי למעמד של שבויי מלחמה. אזרחים מוגדרים בחוק זה "לוחמים בלתי חוקיים" אם הם השתתפו בפעולות איבה נגד מדינת ישראל, ולו בעקיפין, או אם הם משתייכים לכוח הלוחם נגד ישראל. אמנם ניתן לעצור אנשים אלה ללא משפט גם מתוקף חוק סמכויות שעת חירום, ואם הם תושבי הגדה אז גם מכוח צו המעצרים המנהליים, אך לטענת המדינה, החוקים הללו נועדו למטרות שונות ולכן יש הצדקה לקיומו של החוק.

בית המשפט העליון קבע כי כליאה לפי חוק זה היא סוג של מעצר מנהלי, וכי השימוש בו כפוף להגבלות שהוטלו על השימוש במעצר מנהלי של אזרחים מתוקף חוקים אחרים. השופטים קבעו כי העצירים המוחזקים מכוחו של חוק זה הם אזרחים אשר זכאים להגנות המוקנות לאזרחים באמנת ג'נבה הרביעית. כך למשל, על-פי קביעת בית המשפט העליון, כדי לכלוא אדם מתוקף חוק זה על המדינה להוכיח כי נשקפת ממנו סכנה אינדיבידואלית.

אלא שבחוק נקבעו שתי חזקות משפטיות שהשימוש בהן מבטל הלכה למעשה את הדרישה לסכנה אינדיבידואלית, ואשר בית המשפט העליון נמנע עד כה מלדון בחוקתיותן:

1. על-פי החזקה הראשונה, שחרורו של מי שהוגדר "לוחם בלתי חוקי" יפגע בביטחון המדינה, אלא אם הוכח אחרת. וכך קובע החוק: "לעניין חוק זה, יראו אדם שנמנה עם כוח המבצע פעולות איבה נגד מדינת ישראל או שנטל חלק בפעולות איבה של כוח כאמור, בין במישרין ובין בעקיפין, כמי ששחרורו יפגע בביטחון המדינה כל עוד לא תמו פעולות האיבה של אותו כוח נגד מדינת ישראל, וזאת כל עוד לא הוכח אחרת".
   
   
2. החזקה השנייה מתייחסת לעצם קיומן של פעולות איבה: "קביעתו של שר הביטחון, בתעודה החתומה בידיו, כי כוח מסוים מבצע פעולות איבה נגד מדינת ישראל או כי תמו או טרם תמו פעולות האיבה של אותו כוח נגד מדינת ישראל, תשמש הוכחה בכל דיון משפטי, אלא אם כן יוכח ההפך".

החזקות הללו משחררות את התביעה מהצורך להציג ראיות שיצדיקו את המשך המעצר ומאפשרות מעצר ללא הגבלת זמן. החזקה הראשונה מטילה על העציר את נטל ההוכחה כי הוא לא יסכן את ביטחונה של ישראל, בניגוד לעיקרון הבסיסי שאדם הוא חף מפשע עד אשר הוכח אחרת. לאחר שבית המשפט המחוזי - שלו הסמכות לדון במקרים של מעצר על-פי חוק זה - הכריע כי עציר הוא "לוחם בלתי חוקי", לא נותר למערכת השיפוטית לעשות דבר, שכן לפי החזקה השנייה, הנחת המוצא לדיון היא כי אם שר הביטחון קבע כי "פעולות האיבה" של הכוח שאליו הוא משתייך נמשכות, הרי ששחרורו יפגע בביטחון המדינה. שתי החזקות מעבירות לכלוא את נטל ההוכחה בעניינים שלעולם לא יוכל להפריכם, כאשר הרוב המכריע של החומר הקיים נגדו חסוי ולא ניתנת לו כל אפשרות לבחון את הראיות נגדו.

חוק זה משמש כיום כדי לעצור ללא משפט פלסטינים תושבי רצועת עזה. בעבר עצרה ישראל מכוחו גם אזרחים לבנונים. אף על פי שעד היום נעשה בחוק שימוש מוגבל, הוא מאפשר לישראל לבצע מעצרים המוניים, בלי שקיימת הגבלת זמן על משך המעצר ובלי שמפקחת עליו ביקורת שיפוטית אפקטיבית. נוכח החזקות הקבועות בו, ההגנות שחוק זה מותיר בידי העציר מצומצמות אף מאלה המועטות העומדות לאלה הנעצרים מכוח צו המעצרים המנהליים החל בגדה המערבית.

חוק זה אינו עומד בדרישות המשפט הבינלאומי, אינו חוקתי, וממילא הנו מיותר שכן ישנן מסגרות חוקיות אחרות שמתוקפן ניתן להחזיק את האנשים שהחוק חל עליהם במשמורת, ואשר פגיעתן בזכויות האדם פחותה. בצלם קורא לביטול חוק כליאתם של לוחמים בלתי חוקיים.