מעצר מנהלי הוא מעצר המבוצע על-סמך הוראה מנהלית בלבד, ללא הכרעה שיפוטית, ללא כתב אישום וללא משפט. על-פי המשפט הבינלאומי, מעצר כזה יכול להיחשב לחוקי בנסיבות מסוימות, אך בשל הפגיעה הקשה בזכויות להליך משפטי הוגן הטבועה באמצעי זה, ונוכח הסכנה הברורה לניצולו לרעה, הציב המשפט הבינלאומי הגבלות נוקשות על יישומו. על-פי המשפט הבינלאומי, ניתן לעצור אנשים במעצר מנהלי רק במקרים חריגים ביותר, כאמצעי אחרון שנועד למניעת סכנה שלא ניתן לסכלה באמצעים פחות פוגעניים.

הדרך שבה ישראל משתמשת במעצר מנהלי עומדת בניגוד בוטה להגבלות אלה. מעצר מנהלי בישראל מבוצע תחת מעטה כבד של חיסיון, שאינו מאפשר לעצירים להקים לעצמם הגנה ראויה. במהלך השנים החזיקה ישראל אלפי פלסטינים במעצר מנהלי ממושך, בלי להעמידם לדין, בלי למסור להם מה ההאשמות נגדם ובלי לתת להם או לעורכי דינם לעיין בחומר הראיות. בכך הושמה ללעג מערכת ההגנות שבחוק הישראלי ובמשפט הבינלאומי, אשר נועדה להבטיח את הזכות לחירות ולהליך הוגן, את זכות הטיעון ואת חזקת החפות.

בחודש מארס 2012 החזיקה ישראל 320 פלסטינים במעצר מנהלי (לנתונים מעודכנים). לאורך השנים עצרה ישראל אלפי פלסטינים במעצר מנהלי לתקופות שנעו בין כמה חודשים לכמה שנים. המספר הרב ביותר של עצירים מנהליים נרשם במהלך האינתיפאדה הראשונה. כך, ב-5 בנובמבר 1989 הוחזקו 1,794 פלסטינים במעצר מנהלי. בתחילת שנות התשעים ובאמצען נע מספר העצירים בין מאה ל-350 בכל רגע נתון, ובסופן עמד מספרם על כמה עשרות בבת אחת לכל היותר. ב-13 בדצמבר 2000, כחודשיים וחצי לאחר שפרצה האינתיפאדה השנייה, החזיקה ישראל ב-12 עצירים מנהליים פלסטינים. בחודש מארס 2002 עמד מספר העצירים המנהליים על 44.

באפריל 2002, במהלך מבצע "חומת מגן" , עצרה ישראל מאות פלסטינים במעצר מנהלי. מספרם זינק ובסוף אותה שנה הוא חצה את קו האלף. מאז, ירד מניין העצירים המנהליים ובשנים 2005-2007 הוא עמד על כ-750 בממוצע ברגע נתון. מאז נובמבר 2007 ירד מספרם בהתמדה, ובחודש דצמבר 2010 עמד המספר על 204.

עם זאת, בשנת 2011 חלה עלייה במספר העצירים המנהליים: בינואר 2011 הוחזקו 219 עצירים מנהליים, ובדצמבר 2011 היגע מספרים ל-307. כ-29% מהם הוחזקו במעצר בין חצי שנה לשנה, וכ-24% נוספים – בין שנה לשנתיים. 17 עצירים הוחזקו בין שנתיים לארבע שנים וחצי ברציפות ועציר אחד הוחזק במשך יותר מחמש שנים.

במהלך השנים עצרה ישראל במעצר מנהלי גם כמה אזרחים ישראלים, בהם מתנחלים. מדובר במקרים בודדים ורובם נעצרו לתקופות קצרות.

הצו בדבר מעצרים מנהליים, שהוא חלק מהחקיקה הצבאית החלה בגדה המערבית. מרבית העצירים המנהליים מוחזקים מתוקף צווי מעצר אינדיבידואליים המונפקים מכוח צו זה. צו דומה לגבי רצועת עזה בוטל עם יישום תכנית "ההינתקות" בחודש ספטמבר 2005. להורדת נוסח הצו

• חוק סמכויות שעת חירום (מעצרים) החל בישראל, שהחליף את ההסדר בנוגע למעצר מנהלי שהיה קבוע בתקנות שעת חירום מתקופת המנדט הבריטי . תושבי השטחים מוחזקים מכוח חוק זה רק במקרים נדירים. להורדת נוסח החוק
• חוק כליאתם של לוחמים בלתי חוקיים, שנכנס לתוקפו בשנת 2002. במקור, נועד החוק לאפשר את החזקתם של לבנונים שהיו כלואים אז בישראל כ"קלפי מיקוח" לצורך פדיון שבויים וגופות. כיום משתמשת בו ישראל כדי לעצור ללא משפט פלסטינים תושבי רצועת עזה. להורדת נוסח החוק

עמדת בצלם היא כי על ממשלת ישראל לשחרר את כל העצירים המנהליים או להעמידם לדין, תוך קיום משפט הוגן, בגין העבירות שהם נחשדים כביכול בביצוען. ככל שייעשה בכל זאת שימוש בכלי המעצר המנהלי, הרי שעליו להתבצע רק במקרים חריגים ביותר, כאשר אין כל ברירה אחרת ובאופן מידתי - בהתאם לכללים שנקבעו במשפט הבינלאומי.