עם תחילת האינתיפאדה השנייה שינתה הפרקליטות הצבאית את מדיניות החקירות שיישמה עד אז. הפרקליטות קבעה כי לא ייפתחו עוד באופן אוטומטי חקירות מצ"ח במקרים בהם חיילים יהרגו פלסטינים. חקירות כאלה ייפתחו רק במקרים שבהם חיילים "יחרגו באופן חמור מכללי הפתיחה באש ויגרמו לפגיעות בגוף ובנפש". על-פי הכללים החדשים, בכל מקרה שבו חיילים יהרגו פלסטיני יבוצע ביחידה תחקיר מבצעי שממצאיו יועברו לפרקליטות הצבאית וזו תחליט, בהתבסס בעיקר על ממצאים אלה, האם לפתוח בחקירת מצ"ח. לגבי אירועים כמו התעללות, אלימות וביזה, בהם עולה חשד להתנהגות פלילית של חיילים, לא חל שינוי במדיניות ונקבע כי במקרים כאלה תמשיך הפרקליטות לפתוח בחקירת מצ"ח עם קבלת התלונה.

באוקטובר 2003 עתרו האגודה לזכויות האזרח בישראל ובצלם לבג"ץ נגד הפרקליט הצבאי הראשי בדרישה להורות על פתיחה בחקירת מצ"ח בכל מקרה בו הרגו חיילי צה"ל אזרחים פלסטינים, שלא לקחו חלק בלחימה. במסגרת עתירה זו, הודיעה פרקליטות המדינה באפריל 2011 כי בכל הנוגע לגדה המערבית תקבע מדיניות חדשה, ומקרים שבהם חיילים יהרגו פלסטינים שלא השתתפו בלחימה ייחקרו באופן אוטומטי על ידי מצ"ח. לפי ההודעה, מדיניות זו לא תחול ברצועת עזה. בעקבות הודעה זו, דחה בג"ץ את העתירה, למרות התנגדות העותרים.

השינוי במדיניות מבורך, אולם מההודעה עולה כי הוא מבוסס על הרגיעה שחלה בשטח ולא על שינוי עקרוני בתפיסה. אם ישתנו הנסיבות, עלולה הפרקליטות הצבאית לחזור למדיניות בה נקטה במהלך האינתיפאדה השנייה. לפיכך, ומשום שהשינוי אינו חל ברצועת עזה, אין בו די כדי להבטיח את קיום חובותיה של ישראל והאגודה לזכויות האזרח ובצלם סירבו למחיקת העתירה.

הפרקליטות הצדיקה את המדיניות הקודמת של הגבלת החקירות במקרי מוות בטענה שמאז תחילת אינתיפאדת אל-אקצא מתקיים בשטחים "סכסוך מזוין" ולפיכך אין חובה לחקור באופן אוטומטי פגיעה באזרחים. הפרקליטות הדגישה כי החזרה לחקירות מצ"ח אוטומטיות נעשה בשל הרגיעה בשטח ולא בשל סיומו של הסכסוך המזוין.

אולם, הגדרה זו של המצב בשטחים אינה מדויקת. אמנם, חלק מהפעולות המתרחשות בשטחים מהוות פעולות לחימה אולם חלק נכבד מהפעולות שמבצעים חיילים בשטחים – כמו מחסומים, פיזור הפגנות ומעצרים – הן פעולות שיטור רגילות שבוצעו על-ידי חיילים גם באינתיפאדה הראשונה. גם אם נקבל את הגדרת הפרקליטות, אין בכך כדי לפתור את הצבא מהחובה לחקור פגיעה באזרחים. כללי המשפט הבינלאומי אוסרים על פגיעה מכוונת באזרחים גם במסגרת "סכסוך מזוין".. בכל מקרה שבו נפגעים אזרחים במסגרת סכסוך כזה, חובה לחקור את האירוע כדי לוודא שהחיילים פעלו לפי כללים אלה.

בנוסף, התחקיר הפנימי אינו יכול לשמש בסיס להחלטת הפרקליטות האם לפתוח בחקירה. מטרתו של התחקיר המבצעי היא לשפר את פעולת הצבא בעתיד, לא לאתר אחראים לעבירה על החוק. הוא נערך על-ידי האנשים המעורבים ישירות באירוע ואשר ייאלצו לשאת בתוצאות אם תיפתח חקירה. כמו כן המפקדים העורכים את התחקיר אינם עוברים את ההכשרה הניתנת לחוקרי מצ"ח על מנת שיוכלו לבצע חקירה מקצועית. מעדויות שמסרו חיילים לבצלם עולה כי התחקירים שנערכו ביחידה בה שירתו היו רשלניים ובמקרים רבים לא בוצעו כלל תחקירים כאלה.

הפרקליטות הצבאית לא עמדה בעומס שהוטל עליה כתוצאה מההחלטה שלא לפתוח בחקירות באופן אוטומטי. בדרך כלל חלפו חודשים ארוכים, ולא פעם אף יותר משנה, מרגע האירוע ועד להחלטתה להורות על חקירת מצ"ח. כאשר נפתחת לבסוף חקירה, התקשו החוקרים לאתר את הקורבנות או את עדי הראיה בשל האיחור, וכמעט לא היה ניתן עוד לאסוף ראיות בשטח. גם לאחר שהסתיימה החקירה, התעכבה הפרקליטות בהחלטתה האם להורות על נקיטת צעדים. ברוב המכריע של המקרים הפרקליטות נמנעה מקבלת החלטה האם להורות על חקירה.

למרות פניות חוזרות ונשנות של בצלם לרשויות, לא התקבלו נתונים בנוגע למספר החקירות שנפתחו בגין מקרי מוות. לפי נתוני בצלם, בין השנים 2006 ל-2009 נהרגו בידי צה"ל 1,510 פלסטינים, בהם 617 שלא השתתפו בלחימה. נתון זה אינו כולל את 1,389 הפלסטינים שנהרגו במהלך מבצע "עופרת יצוקה".

בצלם פנה לפרקליטות הצבאית בדרישה לפתוח בחקירת מצ"ח לבדיקת נסיבות מותם של 288 פלסטינים שנהרגו בתקופה זו ב-148 אירועים שונים. מתוך 148 אירועים אלה, רק ב-22 מקרים נפתחה חקירת מצ"ח. עד לאוגוסט 2010, התקבלה החלטה בשני תיקים בלבד, ובשניהם החליטה הפרקליטות לסגור את התיק מבלי לנקוט צעדים כלשהם נגד החיילים המעורבים. בכל שאר התיקים לא התקבלה כל החלטה עד מועד זה. ב 29- מקרים נוספים נמסר לבצלם כי הוחלט שלא לפתוח בחקירת מצ"ח. בנוגע ל 95- מקרים נוספים נמסר לבצלם רק כי התיק נמצא עדיין בטיפול ובשני מקרים נוספים לא נמסר כל מידע.

ההוראה הגורפת בדבר אי-פתיחת חקירות, הניהול הלקוי של התחקירים הפנימיים ביחידות והאופי הרשלני של החקירות המעטות שנפתחו, העבירו למפקדים ולחיילים מסר לפיו גם אם יחרגו מההוראות ויפגעו בחפים מפשע, הסיכוי שיינקטו נגדם צעדים הוא אפסי.