המשפט הבינלאומי מחייב כל מדינה לפעול לתיקון תוצאותיהם של מעשים בלתי חוקיים שביצעו גופים או יחידים הפועלים מטעמה, ובכלל זה מעשים שגרמו לפגיעה בזכויות האדם. אחת החובות העיקריות הנגזרת מחובת התיקון היא פיצוי הקורבנות או בני משפחותיהם על הנזקים שנגרמו להם במישרין ובעקיפין, בגין פגיעה רשלנית או בלתי חוקית בזכויותיהם. חובת הפיצוי מעוגנת במפורש הן במשפט ההומניטארי הבינלאומי והן במשפט זכויות האדם הבינלאומי.

עד לשנת 2002 היה ביכולתם של פלסטינים תושבי השטחים לתבוע את מדינת ישראל בגין פעולות רשלניות או בלתי חוקיות שבוצעו מטעמה וגרמו לפגיעה בגופם או ברכושם. חלק מתביעות הפיצויים הרבות שהגישו תושבי שטחים נגד ישראל עד אז התקבלו, לאחר שעלה בידיהם להוכיח כי כוחות הביטחון שגרמו לפגיעה בהם או ברכושם פעלו שלא כדין. החקיקה שהסדירה את חובת הפיצוי פטרה את המדינה מתשלום פיצויים אם הוכח שהנזק נגרם במסגרת פעולה מלחמתית. עם זאת, הפרשנות שניתנה למונח זה בבתי המשפט בישראל הייתה מצומצמת ולכן השפעתו של חריג זה הייתה קטנה יחסית.

ב-24.7.02 תוקן החוק כך שיחסום את רוב התביעות לפיצויים מצד פלסטינים שניזוקו כתוצאה מפעולה רשלנית או בלתי חוקית של כוחות הביטחון. ראשית, החוק הרחיב באופן משמעותי את הגדרת המונח "פעולה מלחמתית", כך שתחול על פעולות שגרתיות לאכיפת חוק. לפי הנוסח החדש, ההגדרה תכלול "כל פעולה של לחימה בטרור, במעשי איבה או בהתקוממות, וכן פעולה לשם מניעתם של טרור, מעשי איבה או התקוממות שנעשתה בנסיבות של סיכון לחיים או לגוף". השינוי בהגדרה שלל את הזכות לפיצוי מפלסטינים שנפגעו כתוצאה ממעשים רשלניים או בלתי חוקיים שביצעו אנשי כוחות הביטחון בנסיבות כמו אכיפת הגבלות על חופש התנועה, ביצוע מעצרים ופיזור הפגנות.

בנוסף, קבע החוק הליכי דיון ודיני ראיות מיוחדים לתביעות המוגשות נגד המדינה בשל נזקים שנגרמו על ידי הצבא בשטחים. לפי החוק:

• לא ניתן להגיש תביעה אם הנפגע לא מסר תוך שישים יום הודעה בכתב על האירוע טרם הגשת התביעה, גם אם האירוע ידוע לרשויות או שנמסרה עליו תלונה בעל-פה. במקרים חריגים, מאפשר החוק להגיש הודעה כזו במועד מאוחר יותר.
• תקופת ההתיישנות להגשת התביעה קוצרה לשנתיים בלבד במקום שבע שנים בדין הרגיל. כשמדובר בנזקי גוף, לעתים קרובות הנזק אינו מתגבש במהלך תקופה זו ולכן הפיצוי יינתן רק על חלק מהפגיעה. בית המשפט רשאי להאריך תקופה זו בשנה נוספת, ובמקרה של קטין בשלוש שנים, אם שוכנע שלא ניתן היה להגיש את התביעה במועד מוקדם יותר.
• נטל ההוכחה כי כוחות הביטחון פעלו שלא כדין הוטל על התובע. הדבר מחייב את התובע להוכיח דברים שאינו יכול לדעת, כגון הנסיבות שבהן טען החייל את הנשק, מתי נבדק הנשק לאחרונה ומה היו ההוראות שלפיהן פעל החייל. זאת, בניגוד לאחד מהכללים הבסיסיים בדיני הנזיקין, לפיהם במקרים בהם נפגע אדם מדבר שהיה בשליטתו של אחר, ועל פני הדברים ברור כי הפגיעה נגרמה כתוצאה מרשלנות, נטל ההוכחה מועבר לנתבע.

החוק החדש הגביל את יכולתם של הפלסטינים להגיש תביעות פיצויים נגד ישראל, אולם תביעות מעטות המשיכו להידון וחלקן אף התקבל בבתי המשפט. על רקע זה החליטה הכנסת בקיץ 2005 לתקן שוב את החוק (תיקון מס' 7 לחוק הנזיקין),ולהרחיב עוד יותר את החסינות הניתנת למדינה במקרה של תביעות לפיצויים שמגישים תושבי השטחים.

במקום להתמקד באופי הפעולה במסגרתה נפגע התובע (קרי, האם היא מלחמתית אם לאו), כמו בתיקון הקודם, החליטה הכנסת הפעם להעניק למדינה חסינות מוחלטת על כל פגיעה בפלסטינים תושבי השטחים, יהא אופי הפעולה אשר יהא, ובלבד שהפגיעה התרחשה באזור שהוגדר "אזור עימות". שר הביטחון הוסמך להכריז על כל שטח מחוץ לגבולות המדינה כ"אזור עימות", גם באופן רטרואקטיבי. לאחר חקיקת החוק, הכריז שר הביטחון על רוב השטחים כ"אזור עימות" במשך חלק ניכר מהזמן מאז תחילת האינתיפאדה השנייה. כך לדוגמה, אזור טול כרם רבתי, הכולל אזורים נרחבים הנתונים לשליטה ישראלית מלאה (שטחי C), הוכרז כאזור עימות במשך 88% משנת 2002 ו-82% משנת 2003; אזור מחסום בית איבא, היציאה המרכזית של שכם לכיוון מערב, הוכרז כאזור עימות במשך שלוש שנים וחצי ברציפות, אף שעוברים בו מדי יום אלפי אזרחים ללא אירועים מיוחדים; מאז השלמת ההתנתקות בספטמבר 2005, הוכרזה כל רצועת עזה באופן גורף, כ"אזור עימות".

בנוסף לתחולה גיאוגרפית זו, העניק החוק למדינה חסינות גורפת מפני תביעה לפיצוי של אדם שנפגע על-ידי ישראל ונקבע לגביו כי הוא חבר או פעיל ב"ארגון מחבלים". חסינות זו תחול ללא קשר לנסיבות בהן נגרם הנזק לאותו אדם או למקום שבו בוצעה הפגיעה. החוק אינו מגדיר מהו "ארגון מחבלים" או מה דרגת הקשר הדרוש לארגון שכזה על מנת להיחשב כפעיל בו.

בדברי ההסבר להצעת החוק נטען, בין השאר, כי החוק נועד לתקן את המצב המעוות, לפיו, פלסטינים רשאים לתבוע את ישראל בגין נזקים שהיא גרמה להם, בשעה שישראלים שנפגעו מפעולותיהם של פלסטינים אינם יכולים לתבוע את הרשות הפלסטינית. אולם, טענה זו מתעלמת מן העובדה הבסיסית כי הפלסטינים התובעים את ישראל אינם אזרחי מדינת אויב הנמצאת בעימות צבאי נגדה, אלא אזרחים החיים תחת משטר כיבוש ישראלי. דיני הכיבוש במשפט הבינלאומי, מטילים על המעצמה הכובשת אחריות כוללת לחייהם ולשלמות גופם של האזרחים החיים בשטח הכבוש.

בתגובה לחקיקה זו, עתרו תשעה ארגונים לזכויות האדם לבג"ץ, בהם בצלם, בדרישה כי יורה על ביטולו של החוק החדש. בין היתר, נטען בעתירה כי החוק פוגע באופן בלתי מידתי בזכויות המעוגנות במשפט הבינלאומי, הנהנות ממעמד חוקתי בישראל, בהן הזכות לחיים ולשלמות הגוף, זכות הקניין, הזכות לשוויון ולכבוד וזכות הגישה לבתי המשפט.

ב-22.12.06 קיבל בג"ץ באופן חלקי את עתירת הארגונים. בפסק הדין קבע השופט ברק כי ההוראות בחוק המונעות מפלסטינים שנפגעו מפעולות רשלניות או בלתי חוקיות שביצעו כוחות הביטחון בשטחים באזור שהוגדר "אזור עימות", לתבוע פיצויים, ללא קשר לנסיבות הפגיעה, אינן חוקתיות, ועל כן הן בטלות. לדבריו, הרחבה זו שבחוק " משחררת את המדינה ממעשי נזיקין שבינם לבין פעולה מלחמתית - תהא הגדרתה רחבה ככל שתהא - אין ולא כלום... רק פעולות לחימה מצדיקות, כפי שמבקשת תכליתו של תיקון מס' 7, הוצאת ההסדרים מתחום דיני הנזיקין הרגילים". מנגד, הותיר פסק הדין על כנה את ההוראה בחוק המעניקה למדינה חסינות גורפת מפני תביעות לפיצויים של מי שהוגדר כ"פעיל בארגון מחבלים".

הממשלה לא ויתרה על רצונה לחסום כל אפשרות לתביעות פיצויים של תושבי שטחים שנפגעו כתוצאה מפעולה לא חוקית של כוחות הביטחון. ב-2008 עברה בקריאה ראשונה בכנסת הצעת חוק שנועדה לבטל את פסיקת בית המשפט. 

פגיעתה של הצעה זו הייתה רבה אף יותר מזו של התיקון שפסל בג"ץ. הצעת החוק החדשה נועדה למנוע מתן פיצויים גם במקרים שבהם חיילים פעלו בניגוד לחוק, שלא במסגרת ההגדרה הרחבה של "פעולה מלחמתית" וכאשר הנפגעים עמדו בתנאים הקבועים בחוק להגשת תביעה. ההצעה, בדומה לתיקון שנפסל, העניקה כמעט לכל פעולות הצבא בשטחים חסינות מפני תביעה בשל כל נזק שנגרם, גם בנסיבות בהן לא נשקף לחיילים כל סיכון. זאת, באופן רטרואקטיבי על פגיעות שאירעו החל משנת 2000.

ב-9.7.12 התקיים דיון בהצעת החוק בוועדת חוקה, חוק ומשפט. במקום הנוסח המוצע, הסותר את פסיקת בית המשפט, קיבלה הוועדה נוסח מרוכך יותר. פעולה מלחמתית תהיה מעתה:  "פעולה של לחימה בטרור, במעשי איבה או בהתקוממות, וכן פעולה לשם מניעתם של טרור, מעשי איבה או התקוממות שהיא פעולה בעלת אופי לוחמתי בהתחשב במכלול נסיבותיה, ובכלל זה בהתחשב במטרת הפעולה, במיקומה הגיאוגרפי או באיום הנשקף לכוח המבצע את הפעולה". ב-16.7.12 עברה הצעת חוק זו בקריאה שנייה ושלישית במליאת הכנסת.

החוק החדש מרחיב במעט את ההגדרה הקודמת של "פעילות מלחמתית", אולם הוא לא מעניק למדינה את הפטור הגורף מאחריות בנזיקין אותו ביקשה להשיג בגלגול הראשון של הצעת החוק. עם זאת, התוספת להגדרה מעורפלת וקשה להעריך את השלכותיה על תביעות שיגישו פלסטינים שייפגעו מפעולות הצבא בשטחים ויש להמתין ולראות כיצד יפרשו אותה בתי המשפט.