מתן דין וחשבון על הפרות של זכויות האדם חיוני כדי ליצור הרתעה ולמנוע את הישנותן של הפרות אלה. מטעם זה קובע המשפט הבינלאומי כי על מדינות לקיים חקירות אפקטיביות בגין חשד להפרות של זכויות האדם ולהעמיד לדין את האחראים להן. כן דורש המשפט הבינלאומי לפצות את מי שנפגע מהפרות אלה בגין הנזק שנגרם להם.

מטרתו העיקרית של המשפט ההומניטארי הבינלאומי היא לצמצם את מספר האזרחים שנפגעים במהלך פעולות לחימה. לכן קובע משפט זה כללים ברורים המסדירים מתי מותר להשתמש בכוח ונגד מי. "עקרון ההבחנה" קובע כי הצדדים הלוחמים חייבים להבחין בין לוחמים לבין אזרחים במהלך לחימה וכי הפגיעה המכוונת באזרחים ובמטרות אזרחיות היא אסורה. "עקרון המידתיות" קובע שגם כשיש כוונה לפגוע במטרה צבאית לגיטימית, חובה לוודא שהיתרון הצבאי הצפוי כתוצאה מהתקפה זו גדול מהפגיעה הצפויה באזרחים. לפי עיקרון זה, על הצבא לנקוט בכל האמצעים האפשריים כדי לצמצם את הפגיעה באזרחים. מכאן שכל פגיעה באזרחים היא תוצאה בלתי רצויה של הלחימה ואינה חלק אינטגראלי ממנה, גם אם בנסיבות מסוימות לא תיחשב פגיעה כזו להפרה של החוק.

מהאיסור על הפגיעה באזרחים נובעת החובה לחקור את המקרים שבהם נפגעו אזרחים, גם במהלך סכסוך מזוין. כך, למשל, כדי שמותם של אזרחים לא ייחשב להפרה של החוק לפי עיקרון זה חייבת להתקיים שורה של תנאים. בין השאר, יש לכוון התקפות רק לעבר מטרות לגיטימיות, הצבא חייב לעשות כל שביכולתו כדי לצמצם את הפגיעה באזרחים והיתרון הצבאי הצפוי מההתקפה חייב לעלות על הפגיעה הצפויה בעת ביצוע ההתקפה. שאלות אלה צריכות להיבדק במסגרת חקירה, לפני שניתן לקבוע שמותו של אדם לא היווה הפרה של החוק.

חובתו של הצבא אינה מסתכמת בחקירה של פגיעה מכוונת באזרחים. עליו לוודא שחיילים וקצינים מקיימים גם את פקודות הצבא והחוק הישראלי. אלה אוסרים לא רק על ירי בכוונה להרוג אלא על שורה ארוכה של מעשים, כולל גרימת מוות ברשלנות, אלימות, ביזה ועוד.

עיקרון האחריות האישית מחייב את המדינה לחקור באופן ממצה וללא משוא פנים כל חשד לביצוע עבירות פליליות על-ידי אנשים שפעלו מטעמה או בהסכמתה. אם חשדות אלה נמצאו מוצדקים, חייבת אותה מדינה לעצור את החשודים ולהעמידם לדין. אי עמידה בחובות אלה, מאפשרת למדינות אחרות בעולם לעצור חשודים בביצוע אותם הפשעים כאשר אלה נוכחים בשטחן, במטרה להעמידם לדין או להסגירם למדינה אחרת.

אחריותה של כל מדינה ביחס למעשים בלתי חוקיים שביצעו גופים או יחידים הפועלים מטעמה, מחייבת אותה לתקן את תוצאותיהם של מעשים אלה. המעשה הראשון המתחייב מחובת התיקון הוא החזרת המצב לקדמותו. אולם, בכל הנוגע למרבית ההפרות החמורות של זכויות האדם לא ניתן למחות את הנזק שנעשה תוך "החזרת הגלגל אחורה". בכל אותם המקרים, החובה המרכזית היא פיצוי הקורבנות על הנזקים שנגרמו להם, במישרין ובעקיפין, בגין הפגיעה בזכויותיהם. חובת הפיצוי מעוגנת במפורש הן במשפט ההומניטארי הבינלאומי והן במשפט זכויות האדם הבינלאומי.

מאז שנת 2000, אז פרצה האינתיפאדה השנייה, מתנערת ישראל במידה הולכת וגדלה מחובתה לתת דין וחשבון על ההפרות החמורות של זכויות האדם של תושבי הגדה המערבית ורצועת עזה להן היא אחראית. התנערות זו באה לידי ביטוי, בין השאר, במדיניות שהייתה בתוקף בגדה המערבית עד לאפריל 2011 שלא לפתוח ככלל בחקירה פלילית במקרים בהם הרגו חיילים פלסטינים שלא היו מעורבים בלחימה וכן בחקיקה השוללת כמעט לחלוטין את האפשרות של פלסטינים שנפגעו בפעולה בלתי חוקית שביצעו אנשי כוחות הביטחון לתבוע פיצויים בבתי משפט בישראל.