המושג מצור ("כתר" בלשון הצבא) פירושו, בהקשר הנוכחי, הקפת אזור מסוים ומניעה מוחלטת או חלקית של מעבר תושבים לתוכו והחוצה ממנו, תוך בידודו מאזורים אחרים. בגדה נוהג הצבא לאכוף מצור על-ידי חסימה פיזית של דרכי הגישה לאזור מסוים, באופן המגביל את הגישה ממנו ואליו למחסומים מאוישים. מידת החומרה שבה נאכף המצור משתנה ממקום למקום ומתקופה אחת למשנה. הראשונים להיפגע ממנו הם, כמעט תמיד, תושבי הכפרים שנותרו מחוץ לאזור הנצור, התלויים בשירותים הניתנים בו.

השימוש התדיר במצור הוא מסימני ההיכר הייחודיים של האינתיפאדה השנייה. בשנים הראשונות לאינתיפאדה הטיל הצבא מצור על אזורים רבים בגדה (בעיקר אזורי A ) ,אך עם הזמן הוא הוסר מרובם . עם זאת, מצור חלקי, שהיקפו משתנה מעת לעת, עדיין מוטל באופן רציף על העיר שכם ופרבריה, ומורחב מפעם לפעם לאזורים אחרים בצפון הגדה, ובעיקר לג'נין ולטול -כרם. החל במאי  2005 מוטל מצור, בגרסה שונה מעט, גם על אזור בקעת הירדן. להבדיל מהמצור על שכם, ההגבלה העיקרית המוטלת במסגרת המצור על בקעת הירד חלה על כניסת פלסטינים שאינם תושבי האזור לתוכו, בשעה שתנועתם של מי שרשומים כתושבי הבקעה כרוכה "רק" בבידוק במחסומים המוצבים בכבישי הגישה.

המצור על מרחב שכם

מרחב שכם - הכולל את העיר עצמה, שלושה מחנות פליטים, 15 כפרים ולמעלה מ-200 אלף תושבים - נתון במצור מזה למעלה משש שנים. הצבא מאפשר כניסה למרחב זה ויציאה ממנו אך ורק דרך אחד מארבעת המחסומים המקיפים אותו ורק לאחר בידוק קפדני הנערך לכל אדם, כלי רכב או סחורה הנכנסים אל העיר ובעיקר לאלה שיוצאים ממנה. כל הכניסות והיציאות האחרות ממרחב זה נחסמו על-ידי הצבא באמצעים פיזיים שונים.

בנוסף להגבלת הכניסה והיציאה ממרחב שכם, ישראל מטילה מדי פעם איסורי תנועה קבוצתיים על תושבי המרחב. הגבלות אלו אוסרות לחלוטין על יציאה מהמרחב הנצור, למעט מי שבידו היתר מיוחד - "היתר תנועה בכתר". ככלל, אין הצבא נוהג להנפיק היתרי מעבר בכתר לצרכים "שגרתיים" כגון עבודה, ביקורי משפחה או לימודים, אלא רק לצרכים שהרשויות מגדירות "הומניטאריים", כגון טיפול רפואי.

ההגבלות הקבוצתיות, המוטלות לסירוגין מאז שנת 2002, מתייחסות, בדרך כלל, לגברים ונערים בקבוצות גיל מסוימות, לרוב בין הגילים 35-16. לעתים מוטלות ההגבלות גם על נשים ונערות. בשנת 2006 לבדה היו איסורי תנועה אלה בתוקף במשך למעלה מתשעה חודשים. מתחילת שנת 2007 ועד אוגוסט הוטלו איסורים אלה במשך 45 יום לפחות.

פגיעתן של הגבלות אלו בתושבי האזור מקיפה ועמוקה ונוגעת בהיבטים בסיסיים של מרקם החיים. רבים מתושבי האזור מאבדים את מקומות עבודתם ואת יכולתם לפרנס את משפחותיהם; תלמידים וסטודנטים אינם יכולים להשלים את לימודיהם ולהיבחן בבחינות הסיום; טיפול רפואי סדיר, כמו גם שירותים אחרים, נמנע מתושבי כפרים סמוכים; בני משפחה מוצאים עצמם מופרדים זה מזה, ועוד כהנה וכהנה השלכות. פגיעתן של הגבלות אלו חמורה עוד יותר נוכח אופיין הגורף והמתמשך.

בתגובה לעתירה שהגישה האגודה לזכויות האזרח בדרישה להסיר את המצור ואת הגבלות התנועה במרחב שכם, טען הצבא כי המצור על העיר מאפשר פיקוח ובקרה על היוצאים מהעיר והנכנסים אליה ומקל על כוחות הביטחון לסכל ניסיונות לפיגועים. הצבא הוסיף וטען כי האיסורים הקבוצתיים חיוניים אף הם, שכן לא ניתן לערוך בידוק יסודי מספיק לכל אדם העובר במחסומי המצור וכן משום ש"המודיעין הקיים אינו מושלם וכוחות הביטחון אינם מחזיקים בידם כל העת רשימה שמית מלאה של מפגעים המתגוררים במרחב העיר המתכוננים להוציא פיגועים אל הפועל."

איסורי התנועה הקבוצתיים מוטלים על אזור שכם הנצור כאמצעי נוסף על אמצעים רבים אחרים שמפעיל הצבא באזור באופן גורף ומתמשך, ובהם בראש ובראשונה. לפיכך, לא ניתן להצדיק אמצעי חמור זה גם אם הוא מביא תועלת מסוימת ומסייע להשגת המטרות הביטחוניות שלשמן הוטל. זאת מכיוון שקשה למצוא יחס סביר בין היתרון הנוסף המושג, לטענת הצבא, על-ידי הטלת האיסורים לבין הנזק הבלתי סביר שהם גורמים לאוכלוסייה באזור. יתרה על כך, גם אם נקבל את הטענה כי לא ניתן להגביל באופן סלקטיבי יותר את חופש התנועה של אותם תושבים באזור העלולים אכן להציב איום ביטחוני, וכי ההגבלות לא נועדו למטרת ענישה אלא לנטרול איומים קיימים בלבד, הרי שעדיין, אין מנוס מן המסקנה שמדובר בסוג של ענישה קולקטיבית האסורה, על פי המשפט ההומניטארי הבינלאומי, מכל וכל.