قامت سلطات الحكم الاسرائيلي بتطبيق معظم القوانين الاسرائيلية على المستوطنات والمستوطنين، وبهذا ضمتهما، عملياً، لدولة اسرائيل. هذا على الرغم من ان الضفة الغربية، رسمياً ليست جزءاً من اسرائيل والقانون الساري بها هو القانون الاردني والعسكري. ونتيجة هذا الضم، نشات في الاراضي المحتلة سياسة الفصل المبني على التمييز، كما اكتسبت هذه السياسة وضعاً قانونياً. وفي هذا الاطار يوجد جهازان قضائيان منفصلان في نفس المنطقة، تحدد بموجبهما حقوق الفرد حسب انتمائه القومي.

الحكم المحلي في المستوطنات يعمل على غرار الحكم المحلي داخل اسرائيل ويعمل بصورة مشابهة، ويتجاهل القانون الاردني الذي من المفروض ان يكون هو الساري في الضفة الغربية. هنالك 24 سلطة محلية يهودية في مناطق الضفة الغربية: ثلاث بلديات، 13 مجلس محلي وستة مجالس اقليمية، يقع تحت سلطتها 121 مستوطنة معترف بها كبلدن منفصلة. بالاضافة الى ذلك يوجد حوالي مئة بؤرة استيطانية، وهي مستوطنات اقيمت من دون تأشيرات رسمية ولكن بدعم ومساعدة من وزارات الحكومة. كذلك بنيت 12 مستوطنة في المناطق التي ضمت  بعد العام 1967 الى منطقة نفوذ بلدية القدس وتعتبر حسب القانون الدولي مستوطنات، ويسري علبها القانون الاسرائيلي بشكل رسمي.

مناطق النفوذ التابعة للسلطات المحلية اليهودية، تشمل بشكل عام مناطق واسعة عدا عن المناطق المبنية، هذه المناطق حسب الاوامر العسكرية معرفة "منطقة عسكرية مغلقة". حيث الدخول اليها محظور على الفلسطينيين دون تصريح من القائد العسكري الاسرائيلي. في الوقت الذي يمنع دخول الفلسطنيين الى هذه المناطق، مواطنون اسرائيليون، يهود من انحاء العالم وحتى السياح يسمح لهم بالدخول دون الحاجة لتصريح خاص.