בספטמבר 1970 קיבלה ממשלת ישראל החלטה עקרונית המסדירה את אופן העסקתם של עובדים פלסטינים בישראל. החלטה זו, התקפה עד היום, קובעת כי "עובד מן השטחים זכאי לתנאים סוציאליים להם זכאי, בהתאם לחוק ולהסכמים קיבוציים, כל עובד אחר בישראל, בעל נתונים זהים." זכות זו לשוויון בתנאי העבודה, מהווה נורמה מרכזית המעוגנת היטב הן במשפט הישראלי והן במשפט הבינלאומי. למרות זאת, עובדי השטחים המועסקים בישראל ובהתנחלויות מופלים לרעה באופן בוטה ביחס לעמיתיהם הישראלים, וזכויותיהם הסוציאליות נרמסות בשיטתיות על-ידי מעסיקיהם, ובמידה מסוימת גם על-ידי הרשויות הישראליות הרלוונטיות. במרבית המקרים, הפגיעה בזכויות איננה נובעת מפגם או מאפליה בחוק אלא מהפרתו השיטתית מצד המעבידים. חוקי העבודה בישראל אינם מבחינים בין עובדים לפי מוצאם או אזרחותם. כל עוד מתבצעת ההעסקה בתוך גבולות מדינת ישראל, דין אחד הוא לכל עובד. חשוב להדגיש גם כי אין בחוקי העבודה בישראל או בהסכמים הקיבוציים הסקטוריאליים, שום התניה בין זכויות סוציאליות לבין רישום העובד כחוק בשירות התעסוקה. הזכויות מוענקות לפי חוק לכל עובד באשר הוא עובד. עובדי השטחים המועסקים בישראל זכאים למלוא הזכויות, ללא קשר להימצאות רשיון עבודה או כרטיס מגנטי ברשותם.

אחת הדרכים הנפוצות של מעבידים ישראלים לחסוך בהוצאות על חשבון העובדים, היא לדווח דיווח כוזב למדור התשלומים של שרות התעסוקה (דרכו משולמות המשכורות לעובדי השטחים) אודות מספר ימי עבודה של כל עובד פלסטיני. את ההפרש בין הימים המדווחים למדור התשלומים לבין ימי העבודה בפועל, משלמים המעבידים במזומן. כך הם חוסכים לעצמם את תשלום הזכויות הסוציאליות הנלוות לחלק " המזומן" של השכר (פנסיה, ביטוח לאומי, דמי הבראה, וכדומה). כמו כן, העדר רישום מדויק של שרות התעסוקה פוגע בסיכויי העובדים הפלסטינים לממש את מלוא זכויותיהם באמצעות בתי דין לעבודה, שכן נוצר קושי להוכיח כמה ימים עבדו ומהו השכר שקיבלו. רמת הפיקוח הנמוכה של שרות התעסוקה על דיווחי המעסיקים היא הסיבה העיקרית לשכיחות הגבוהה של התופעה.

מדיניות הסגר של ישראל גורמת לפגיעות ישירות ועקיפות בזכויות העובדים המועסקים בישראל או שהועסקו בה בעבר. הפגיעה המרכזית הכרוכה בהטלת סגר מוחלט על השטחים מתבטאת בהפסד ימי עבודה ובגרימת פיטורין (לעיתים ללא פיצויים), כתוצאה מחסימת הגישה למקום העבודה בישראל. הסגר הכללי, היינו החובה לקבל רשיון על מנת לעבוד בישראל, פוגע בעקיפין ביכולתם של עובדים לממש את זכויותיהם הסוציאליות. זאת בשל הקושי בהשגת הרשיונות הללו, המקשה על עובדים להיפגש עם עורכי דין, להופיע בבדיקות של הביטוח הלאומי, להתייצב בדיונים של בתי דין לעבודה וכדומה.

העובדים הפלסטינים המועסקים בישראל מקופחים מאז תחילת הכיבוש בכל הקשור לביטוח סוציאלי. עד הסכם אוסלו א', החלק הארי של הכספים שנוכו ממשכורותיהם תחת הסעיף "ביטוח לאומי" הוזרם במרמה ישירות לקופת משרד האוצר. לכן, למרות שאחוז הניכוי משכר עובדי השטחים לסעיף זה היה זהה לניכוי מעובדים ישראליים, העובדים הפלסטינים נהנו רק מביטוח מפני תאונות עבודה ופשיטת רגל של המעסיק, תוך שלילת הזכויות בשאר ענפי הביטוח הלאומי כמו דמי אבטלה, השלמת הכנסה, קצבת זקנה, קצבאות ילדים, קצבת נכות, ביטוח סיעודי, וכדומה. מאז הסכם אוסלו א', אותם הכספים שהופנו עד אותה עת למשרד אוצר - אשר לאחר ההסכם כונו "היטל השוואה" - נצברים בחשבון בנק ואמורים לעבור לידי הרשות הפלסטינית כדי שזאת תספק ביטוח סוציאלי. כיום, חמש שנים לאחר חתימת הסכם זה, הרשות הפלסטינית טרם הקימה את המוסד שימלא חובה זו. לעת עתה עובדי השטחים בישראל ממשיכים לשלם ביטוח לאומי בלי לקבל תמורה מלאה לכספם.

עובדים פלסטינים המועסקים בהתנחלויות ובאזורי התעשייה בשטחים מנוצלים יותר מעמיתיהם בתוך הקו הירוק. למרות קיומו של צו צבאי המחייב תשלום שכר מינימום השווה לזה המחייב בישראל, השכר המשולם לפלסטינים בהתנחלויות הוא לרוב מתחת לשכר המינימום. הדבר מתאפשר בשל העדר אכיפה כלשהי של הצו על-ידי המנהל האזרחי. כמו כן, בולטת אפליית העובדים הפלסטינים לעומת העובדים הישראליים המועסקים בהתנחלויות בכל הנוגע לתנאי ההעסקה. היועץ המשפטי לממשלה העניק לאחרונה גושפנקא משפטית לאפליה וקבע כי זכויותיהם של העובדים הפלסטינים בהתנחלויות נקבעים על-ידי החוק הירדני שהיה קיים בשטחים טרם הכיבוש, בעוד שעל העובד הישראלי באותו מקום עבודה חלים החוקים הישראליים, המעניקים זכויות סוציאליות רבות יותר.

עובדים פלסטינים הפונים לבתי דין לעבודה בישראל כדי לתבוע את מעסיקיהם, מתבקשים להפקיד דמי ערבות גבוהים שיבטיחו את תשלום הוצאות המשפט במקרה שתביעתם תידחה. ערבות כזאת איננה נדרשת מעובדים או ממעסיקים ישראליים. ההצדקה שניתנה לכך היא מעמדם של עובדי השטחים כתושבי חוץ, לגביהם יש חשש שינסו להתחמק מלפרוע את חובותיהם. גובה דמי הערבות (המגיע ל-5,000 ש"ח ויותר) מהווה לעיתים קרובות מסוכה המונעת מהעובדים הפלסטינים - במקרים רבים מובטלים - גישה לגורם האחרון שעשוי לסייע להם במימוש זכויותיהם. הצעה לפתרון הבעיה שהוגשה על-ידי הצוות הישראלי בוועדה המשותפת לענייני עבודה, נדחתה על הסף על-ידי הרשות הפלסטינית, תוך הפגנת זילזול כלפי הפגיעה בזכויותיהם של עובדי השטחים בישראל.