הסכם הביניים שנחתם בין ישראל לרשות הפלסטינית בספטמבר 1995 (הסכם אוסלו ב') כולל, בין שאר הנושאים בהם הוא עוסק, את הסיכום העדכני ביותר בכל הקשור לסוגיית המים במסגרת התהליך המדיני, והוא גם מפורט יותר מקודמיו. ההתייחסות לנושא זה מופיעה בסעיף 40 של הפרוטוקול בנוגע לעניינים אזרחיים (נספח 3). למרות שגורמים ישראליים רשמיים מתייחסים אליו כאל נקודת מפנה בה הועברה האחריות על משק המים לרשות הפלסטינית, הסכם זה לא שינה באופן מהותי את היקף השליטה של ישראל.

נקודת המוצא של ההסכם באשר לשאלת חלוקת המים מהמקורות המשותפים היא שכמויות המים שצורכת ישראל, הן בתוך הקו הירוק והן בהתנחלויות, לא יצומצמו. לפי עיקרון זה, כל כמות מים נוספת שתשמש את הפלסטינים תופק בעתיד ממקורות שלא נוצלו עד אז, ולא במסגרת חלוקה מחדש של המקורות הקיימים. המשמעות של קביעה זו היא שכמעט כל תוספת מים שניתנה לפלסטינים לפי הסכם זה מקורה באקוויפר המזרחי של הגדה המערבית שכן הוא היחיד, על-פי ההסכם עצמו, שלא היה מנוצל עד תום בעת החתימה.

ישראל הכירה בהסכמי אוסלו בכך שרצועת עזה והגדה המערבית מהוות יחידה טריטוריאלית אחת. למרות זאת, נקבע בהסכם הביניים כי בכל הנוגע למשאבי המים רצועת עזה תהיה משק עצמאי ומלבד הכמות הקטנה שישראל התחייבה למכור, אוכלוסיית הרצועה תיאלץ לספק את צרכיה רק מתוך המשאבים הנמצאים בגבולותיה, ללא אפשרות להיעזר בהעברת מים מן הגדה המערבית. העדר חלוקה מחדש של מקורות המים המשותפים לישראל ולגדה מערבית בהסכם הביניים מנע את האפשרות ליצור "עודף" מים כלשהו בגדה מערבית שיוכל לתגבר את האספקה לרצועת עזה. כתוצאה מכך, נמשך הניתוק בין רצועת עזה לגדה המערבית, התורם בעצמו להחמרת מצבו של אקוויפר עזה בשל הצורך להמשיך את שאיבת היתר.

מכוח הסכם הביניים, הוקמה ועדת המים המשותפת (Joint Water Committee), שהיא הגוף המופקד על אישור כל פרוייקט חדש בתחום המים והביוב בגדה המערבית. ועדה זו מורכבת ממספר נציגים שווה לישראל ולרשות הפלסטינית. כל החלטות הוועדה חייבות להתקבל פה אחד ולא נקבע מנגנון כלשהו לפיתרון מצבים של חוסר הסכמה. המשמעות של שיטה זו של קבלת החלטות היא שלישראל יש את היכולת להטיל וטו על כל בקשה שהנציגים הפלסטינים מגישים לקידוח באר חדשה לשם מימוש התוספות שנקבעו בהסכם.

שליטתה של ישראל על שאיבת המים מהאקוויפרים המשותפים לא מוגבלת לזכותה להטיל וטו על קידוחים חדשים במסגרת ועדה זו. אם פרוייקט מים שאושר על-ידי ועדת המים המשותפת מתוכנן לאזור סי (C), הנמצא תחת שליטה ישראלית מלאה, ועדת התכנון העליונה של המינהל האזרחי צריכה לאשר את הפרוייקט.