משטרת ישראל אחראית לחקירת עבירות שבוצעו נגד תושבים פלסטינים בשטחים, המיוחסות לאזרחים ישראלים. המשטרה אמורה לקבל את התלונה, לחקור את המקרה, ולהכין חומר ראיות שיאפשר לפרקליטות להעמיד את האשמים לדין. במקרים בהם לא הוגשה תלונה רשמית, אך למשטרה ידוע על האירוע ממקורות אחרים, חובתה לפתוח בחקירה מיוזמתה.

באפריל 1981 הוקמה במשרד המשפטים ועדה בראשות המשנה ליועץ המשפטי לממשלה, יהודית קרפ. מטרתה היתה "להבטיח ככל האפשר שחשדות בגין עבירות שעברו ישראלים באיו"ש נגד תושבי האיזור הערבים ייחקרו במהירות, בענייניות וביעילות." ועדת קרפ ערכה מעקב אחרי הטיפול בכ-70 אירועים עליהם דווח באותה תקופה, בהם פגיעות בנפש, איומים בנשק, הסגות גבול, תקיפות, גרימת נזק לרכוש והפרות סדר. מסקנות הוועדה, שפורסמו ב-1984, היו שהמשטרה לא פועלת למניעת הפרות של החוק והסדר הציבורי על-ידי ציבור המתנחלים ואינה חוקרת ביסודיות תלונות וחשדות בתחום זה. הוועדה קבעה שמספר התיקים שנסגרו עולה על המקובל וכי שוטרים מגלים ותרנות כלפי מתנחלים שאינם משתפים פעולה בחקירתם. לסיכום, הצהירה הוועדה כי קיימים ליקויים של ממש בתפקוד המשטרה וקראה למצוא פתרון דחוף לבעיה כדי למנוע התדרדרות ופגיעה ביסודות שלטון החוק.

דו"ח בצלם, שפורסם במארס 1994, מצא ליקויים חמורים בכל הנוגע לטיפול המשטרה בעבירות המיוחסות לאזרחים ישראלים נגד תושבים פלסטינים בשטחים, כאשר למעשה דבר לא השתנה מאז פורסם דו"ח קרפ עשר שנים קודם לכן. במקרים רבים לא נפתחה כלל חקירה, כולל בכמה מקרי מוות. אירועים עליהם לא הוגשה תלונה לא נחקרו גם במקרים בהם קיבלה המשטרה מידע ממקורות חיצוניים. במקרים רבים לא הצליחה משטרה לאתר את תיק החקירה ובמקרים אחרים הכחישה המשטרה כי הוגשה תלונה, גם במקרים בהם היה ידוע לבצלם בוודאות כי הוגשה כזו. במקרים אחדים התעכבו תיקים במחלקת התביעות המשטרתית זמן רב לאחר פענוח המקרה, מבלי שיוגש כתב אישום. סגירת תיקים בעילה של "עבריין לא נודע" נהפכה כמעט לנורמה, וזאת בלא מעט מקרים בהם היו לכאורה פרטים מזהים של העבריין .

ליקויים אלה בתפקוד המשטרה, הנכונים גם להיום, הביאו לכך כי תושבים פלסטינים נמנעים לעתים קרובות מלהגיש תלונה למשטרה נגד אזרחים ישראלים, מתוך אי-אמון בסיסי בנכונותן של המשטרה ומערכת המשפט לעשות דין ולאכוף את החוק על אזרחים ישראלים. אולם, גם במקרים בהם מעוניינים הפלסטינים להגיש תלונה, התנהגות השוטרים כלפיהם וכן אופן הטיפול בתלונות, מחזקים שוב ושוב את אי האמון של הפלסטינים בעבודת המשטרה. לעתים קרובות מסרבים השוטרים לקבל תלונות של פלסטינים או שולחים אותם מתחנת משטרה אחת למשנה. במהלך האינתיפאדה הפכה הגשת התלונה גם לאלה המעוניינים בכך לכמעט בלתי-אפשרית. זאת בשל ההגבלות הרבות על תנועת הפלסטינים בשטחים, המונעות מהם במקרים רבים גישה לתחנות המשטרה.

אזלת היד של המשטרה בכל הנוגע לטיפולה בעבירות המיוחסות לאזרחים ישראלים בשטחים נגד פלסטינים אינה נובעת מרשלנות של החוקרים או מהיעדר כוח אדם בלבד. כמות הליקויים, אופיים, והישנותם, מצביעים בבירור כי המחדל נושא אופי שיטתי ולא אקראי. העובדה כי במקרים רבים, כולל מקרי מוות, לא נפתחה כלל חקירה או שתיקים "הלכו לאיבוד," מצביעה על זלזול מצד המשטרה בחייהם של התושבים הפלסטינים, בגופם וברכושם.