עם סיום החקירה, במקרים בהם לא אותרו חשודים, לא נאספו די ראיות או שאין בחומר הנמצא כדי להצביע על אשמה פלילית, מסתיים הטיפול בסגירת התיק, ללא נקיטת הליכים משפטיים כלשהם. אם אותר חשוד ויש נגדו די ראיות מפלילות לכאורה, התיק מועבר לפרקליטות לצורך החלטה האם להגיש כתב אישום או לסגור את התיק. מערכת המשפט נמנעת מלאכוף את החוק על אזרחים ישראלים בשטחים במספר דרכים: סגירת תיקים בפרקליטות, היענות ללחץ ציבורי שלא להעמיד לדין אזרחים ישראלים, המרה של סעיפי האישום בסעיפים קלים יותר, והקלה בעונש על-ידי בתי המשפט באותם מקרים בהם הוגש כתב-אישום והנאשם נמצא חייב בדין.

נסיון לבחון את טיפולה של הפרקליטות בתיקים של אזרחים ישראלים החשודים בעבירות אלימות נגד פלסטינים בשטחים, נתקל בקשיים בשל חוסר מידע הן לגבי תיקים שנסגרו על ידיה, הן לגבי השיקולים שהביאו אותה במקרים רבים להמיר סעיפי אישום בבית משפט לסעיפים קלים יותר והן לגבי הסיבות בגינן לא הגישה הפרקליטות ערעור על קולת העונש שניתן בערכאות הנמוכות. עם זאת, ניתן להצביע על מספר בעיות ביחס לטיפולה של הפרקליטות בתיקים מסוג זה:

אחוז גבוה של תיקים העוסקים במקרי מוות נסגרו על-ידי הפרקליטות בנימוק של חוסר ראיות להעמדה לדין.

במספר מקרי מוות הסכימה הפרקליטות להמיר את סעיף האישום המקורי מהריגה לגרימת מוות ברשלנות במסגרת עסקאות טיעון. תופעה זו כשלעצמה אינה בגדר חריג, שכן מדי שנה נערכות אלפי עסקאות טיעון על- ידי הפרקליטות. אולם, מבדיקה של המקרים עולה כי לפחות בחלק מהמקרים בהם הובאו אזרחים ישראלים למשפט בשל גרימת מוות של תושב פלסטיני בשטחים, היו ראיות כבדות משקל נגד הנאשמים. במקרים אלה לא נראית לעין סיבה לעריכת עיסקת הטיעון, שכתוצאה ממנה המירה הפרקליטות את סעיפי האישום המקוריים לסעיפים קלים יותר.

בחלק מהמקרים בהם הטיל בית-המשפט בערכאה נמוכה עונשים קלים על אזרחים ישראלים שפגעו בפלסטינים, לא הגישה הפרקליטות ערעור על קולת העונש, זאת על-אף שבטיעונים לעונש ביקשה הפרקליטות להחמיר בעונשו של הנאשם.

במקרים בהם הוגש כתב אישום נגד מתנחלים, והתיק נידון בבתי-המשפט, נטו בתי המשפט להקל בעונש, בלא כל יחס לחומרת העבירה, ובוודאי בהשוואה לגזרי דין המוטלים על פלסטינים המורשעים בעבירות דומות. בחלק מהמקרים, גילו השופטים הבנה למניעיהם הלאומניים והדתיים של הנאשמים, ולא הביאו לידי ביטוי בחומרת העונש את הערך העליון של חיי אדם. המסר שמעבירים בתי-המשפט בישראל, בערכאות הנמוכות, בנושא הענישה של אזרחים ישראלים במקרים של אלימות נגד פלסטינים, הוא מסר קשה של אפליה על רקע לאומי ושל סלחנות על פגיעה בחייהם של התושבים הפלסטינים, בגופם וברכושם.