צה"ל הוא הריבון הפועל בשטחים ומתוקף תפקידו זה הוא נושא באחריות הכוללת להשלטת החוק והסדר בשטחים. מחובתו ומסמכותו של צה"ל למנוע מעשי אלימות או מעשים בלתי חוקיים של אזרחים ישראלים נגד התושבים הפלסטינים, ולעצור את המשתתפים בהם. צה"ל נכשל כשלון חמור בהשלטת החוק על המתנחלים בשטחים ובשמירה על חייהם, גופם ורכושם של התושבים הפלסטינים מפני ההתקפות החוזרות ונשנות של התושבים היהודים. היחס של צה"ל כלפי גילויי האלימות הללו נע בין עמידה מנגד לבין צורות אקטיביות יותר של שיתוף פעולה.

חיילי צה"ל הנוכחים במעשי אלימות של מתנחלים נגד פלסטינים אינם מנסים לעצור או למנוע את המעשים הללו או אפילו לקחת מהמתפרעים את פרטיהם ולהעבירם למשטרה. נסיונותיהם של החיילים למנוע מעשים בלתי חוקיים של מתנחלים נגד תושבים פלסטיניים, או לעצור את המשתתפים בהם, אם בכלל, הם מעטים וקלושים. יש מקרים בהם לא זו בלבד שהחיילים לא מנסים לעצור את הפעולות האלימות של המתנחלים, אלא שותפים בעצמם לאותם מעשים.

במקרים רבים מטיל צה"ל הגבלות על תנועת הפלסטינים, כולל עוצר, כאשר הם מותקפים על-ידי מתנחלים. אמנם, צה"ל טוען כי הדבר נעשה כדי להגן עליהם, אך למעשה הוא יוצר מצב אבסורדי בו ההגבלות מוטלות על המותקף ולא על התוקף. יתרה מזו, המתנחלים מנצלים את העובדה שהפלסטינים נתונים בעוצר וכלואים בבתיהם על-מנת לפגוע בהם וברכושם, כאשר אלה אינם יכולים להתגונן. בכך צה"ל לא רק מועל בחובתו להגן על הפלסטינים, אלא גם מסייע למתנחלים לפגוע בהם.