מאז 1967 ועד סוף 2007 הוקמו ברחבי  הגדה המערבית 120 התנחלויות ישראליות בהן הכיר משרד הפנים כיישובים. זאת על אף שחלקן כוללות שטחים שאין ביניהם רצף בנוי. 12 התנחלויות נוספות הוקמו בשטחים שסופחו לישראל ב-1967 וצורפו לשטח השיפוט של עיריית ירושלים.  כמו כן, פזורות ברחבי הגדה כמאה התנחלויות שהרשויות לא הכירו בהן באופן רשמי, והמכונות בתקשורת "מאחזים". 16 התנחלויות שהוקמו ברצועת עזה ושלוש התנחלויות בצפון הגדה המערבית פורקו בשנת 2005, במהלך יישום "תוכנית ההתנתקות".

ישראל יצרה בשטחים משטר של הפרדה-תוך-אפליה, במסגרתו קיימות שתי מערכות משפט נפרדות באותו שטח, כאשר זכויותיו של אדם נקבעות לפי השתייכותו הלאומית. משטר זה הוא היום דוגמא יחידה במינה בעולם ומזכיר במהותו משטרים אפלים מן העבר, כגון משטר האפרטהייד בדרום-אפריקה .

תחת משטר זה, נגזלו מאות אלפי דונמים של אדמות מהאוכלוסייה הפלסטינית, ששימשו להקמת עשרות התנחלויות ולאכלוסן במאות אלפי אזרחים ישראלים. ישראל אוסרת על הציבור הפלסטיני בכללותו להיכנס לאדמות אלה ולעשות בהן שימוש ומנצלת את קיומן של ההתנחלויות כדי להצדיק פגיעה בשורה ארוכה של זכויות הפלסטינים, כולל הזכות לדיור, הזכות להתפרנס והזכות לחופש תנועה. השינוי הקיצוני שעשתה ישראל במפת הגדה המערבית, מונע כל אפשרות ממשית להקמת מדינה פלסטינית עצמאית ובת קיימא במסגרת מימוש הזכות להגדרה עצמית.

אוכלוסיית המתנחלים, לעומת זאת, נהנית מכל הזכויות הניתנות לאזרחי ישראל המתגוררים בתוך הקו הירוק, ובחלק מהמקרים ניתנות לה אף זכויות נוספות. המאמצים הרבים שהשקיעה ישראל במפעל ההתנחלויות - מבחינה כספית, משפטית ובירוקרטית - הפכו את ההתנחלויות למובלעות אזרחיות בתוך שטח המתנהל תחת שלטון צבאי ואת המתנחלים למעמד המועדף. כדי להנציח מצב זה, שהוא מלכתחילה בלתי חוקי, ישראל מפרה שוב ושוב את זכויות האדם של הפלסטינים.

בולט במיוחד השימוש המניפולטיבי שעושה ישראל בכלים משפטיים כדי ליצור איצטלה של חוקיות מסביב למפעל ההתנחלויות. כל עוד החקיקה הירדנית סייעה לישראל לקדם את מטרותיה, היא נאחזה בה בטענה שלפי המשפט הבינלאומי היא חייבת לפעול לפי החקיקה שהיתה קיימת בשטחים לפני הכיבוש, תוך שהיא מעניקה לה פרשנות צינית ומגמתית. אולם, כאשר חקיקה זו היתה לישראל לרועץ, היא לא היססה לבטל אותה בחקיקה צבאית ולקבוע כללים חדשים שישרתו אותה. באופן זה רמסה ישראל ברגל גסה הגבלות ואיסורים רבים שנקבעו בהסכמים בינלאומיים עליהם חתמה, אשר נועדו לצמצם את הפגיעות בזכויות האדם ולהגן על אוכלוסייה תחת כיבוש.

על רקע אי-חוקיותן של ההתנחלויות מלכתחילה, ולנוכח הפגיעות בזכויות האדם הנגזרות מקיומן, תובע בצלם מממשלת ישראל לפעול לפינוי כל ההתנחלויות. הפינוי חייב להתבצע תוך כיבוד זכויות האדם של המתנחלים, לרבות תשלום פיצויים.

ברור שפינוי כל ההתנחלויות הוא משימה מורכבת, שהשלמתה תיארך זמן. עם זאת, ישנם צעדי ביניים שניתן לנקוט לאלתר, על-מנת לצמצם ככל הניתן את הפגיעה בזכויות האדם ואת ההפרות של המשפט הבינלאומי. בין השאר, על ממשלת ישראל להפסיק כל בנייה חדשה בהתנחלויות, בין אם נעשה הדבר לצורך הקמת התנחלויות חדשות ובין אם לצורך הרחבת ההתנחלויות הקיימות; להקפיא את סלילתם של כבישים עוקפים חדשים ותכנון של כבישים כאלה, כולל הפסקה של הפקעה ותפיסה של קרקעות המיועדות לכך; להחזיר ליישובים הפלסטינים את כל השטחים הלא-בנויים שצורפו לגבולות המוניציפאליים של ההתנחלויות והמועצות האזוריות; לבטל את ועדות התכנון המיוחדות בהתנחלויות, וכפועל יוצא מכך לבטל את סמכותן של הרשויות המקומיות לערוך תכניות מתאר ולהנפיק היתרי בנייה; להפסיק את מדיניות התמריצים המעודדת אזרחים ישראלים לעבור להתנחלויות ולהפנות משאבים לעידוד מתנחלים לעבור לתוך גבולות מדינת ישראל.