ביוני 2002 החליטה ממשלת ישראל להקים את מכשול ההפרדה, שמטרתו המוצהרת היתה למנוע כניסה של פלסטינים מהגדה המערבית לתוך ישראל בצורה בלתי מבוקרת. מכשול זה מורכב, ברוב האזורים, מגדר אלקטרונית שמשני צדדיה נסללו דרכים, נבנו גדרות תיל ונחפרו תעלות. רוחבו הממוצע של המכשול הוא כשישים מטרים. בכמה אזורים החליטה מערכת הביטחון להקים חומה בגובה של שישה-שמונה מטרים, במקום המכשול.

מאז החלטת הממשלה על הקמת מכשול ההפרדה, הגישו תושבים פלסטינים עשרות עתירות נגד תוואי המכשול. בפברואר 2004 עתרו תושביהם של מספר כפרים מצפון מערב לירושלים לבג"ץ נגד התוואי, בעתירה שכונתה "בג"ץ בית סוריכ". בספטמבר פסק בית המשפט העליון כי רוב התוואי שנדון בעתירה אינו חוקי וכי על המדינה להציג תוואי חלופי. בעקבות פסיקה זו הורה ראש הממשלה, אריאל שרון, למערכת הביטחון לבחון מחדש את כל תוואי המכשול ובפברואר 2005 אישרה הממשלה את התוואי המתוקן.

גם התוואי המתוקן של המכשול עובר ברובו בתוך שטח הגדה המערבית ולא בצמוד לקו הירוק. באזורים בהם הושלמה כבר בניית המכשול ניכרת בבירור הפגיעה הנרחבת בזכויות האדם של הפלסטינים המתגוררים בסמוך לו. המשך הקמתו בעומק שטח הגדה, בהתאם להחלטת הממשלה מפברואר 2005, יגרור בהכרח פגיעה נוספת בזכויות האדם של מאות אלפי תושבים.

הפלסטינים המתגוררים בסמוך למכשול סובלים עתה מהגבלות חדשות על התנועה, בנוסף להגבלות הנרחבות החלות עליהם מאז פרצה אינתיפאדת אל-אקצא. כתוצאה מכך, אלפי פלסטינים מתקשים להגיע לשטחים החקלאיים שבבעלותם ולשווק את תוצרתם בשאר שטחי הגדה המערבית. האזורים בהם החלה הפעלת המכשול הם בין הפוריים ביותר בגדה המערבית והפעילות החקלאית היא אחד ממקורות ההכנסה העיקריים ביישובים הנמצאים שם. הפגיעה בענף החקלאות עלולה להביא להרעה משמעותית במצב הכלכלי בשטחים - הקשה כבר ממילא - ומשפחות רבות עלולות להתדרדר לחיי עוני.

ההגבלות על חופש התנועה פוגעות גם בנגישותה של האוכלוסייה הכפרית אל בתי החולים בערים הסמוכות; מערכת החינוך נפגעת בשל תלותם של בתי ספר רבים, בעיקר בכפרים, במורים המגיעים מחוץ ליישוב; קשרים משפחתיים וחברתיים נפגעים.

בתחילת חודש אוקטובר 2003 הכריז אלוף פיקוד המרכז על השטח שבין מכשול ההפרדה בצפון הגדה המערבית (שלב א') לבין הקו הירוק, כעל שטח צבאי סגור, ללא הגבלת זמן. על-פי ההוראות החדשות, כל פלסטיני מעל גיל 12 המתגורר במובלעות שנוצרו בשטח הסגור, חייב לקבל מהמינהל האזרחי "היתר תושב קבוע" כדי להמשיך ולשהות בביתו. שאר תושבי הגדה חייבים להצטייד בהיתרים מיוחדים כדי להיכנס לאותו אזור.

ישראל הקימה אמנם, לאורך קטעי המכשול שהושלמו, שערים דרכם יכולים בעלי היתרים לעבור. אולם, בקשותיהם של תושבים רבים להיתרי כניסה לאדמתם נדחו, אם בעילה של מניעה ביטחונית ואם בטענה שבעלותם על הקרקע, או קרבת המשפחה שלהם לבעלי הקרקע, לא הוכחה לשביעות רצונן של הרשויות הישראליות. גם קבלת היתר מהמינהל האזרחי אינה ערובה למעבר בשערים, שכן כאשר מוטל על השטחים "סגר מוחלט" בטלים כל ההיתרים. זאת ועוד, במקומות רבים מחייב מיקומו של השער את התושבים לנסוע כברת דרך ארוכה, לרוב בדרך בלתי-סלולה. קשיי הנגישות לאדמה והעלות הכספית הכרוכה בהם הפוכים את העיסוק בחקלאות לבלתי כדאי, ותושבים רבים אינם מיישמים את זכותם להגיע לאדמתם ומאבדים את המקור העיקרי לפרנסתם.

תוואי המכשול נקבע תוך התעלמות כמעט מוחלטת מהפגיעה הנרחבת בזכויות האדם של התושבים הפלסטינים. התוואי נקבע תוך הסתמכות על שיקולים זרים, שבינם לבין הגנה על ביטחונם של אזרחים ישראלים אין ולא כלום. אחד השיקולים המרכזיים בקביעת התוואי של מכשול ההפרדה היה הרצון לספח את חלקן דה-פקטו לישראל. עם תום בנייתו של המכשול,עתידים כ-9% משטח הגדה, בהם שוכנות 60 התנחלויות, להמצא בצידו המערבי, ה"ישראלי . שיקול נוסף שהוביל להקמת המכשול בתוך שטח הגדה המערבית היה הימנעות מהמחיר הפוליטי שהיה כרוך בהכרה בקו הירוק כגבולה של ישראל .

מכלול המאפיינים של מכשול ההפרדה והשיקולים שהובילו לקביעת התוואי, יוצר את הרושם כי ישראל שוב נתלית בטיעונים ביטחוניים כדי לקבוע, באופן חד צדדי, עובדות בשטח שישפיעו על כל הסדר עתידי שייחתם בין ישראל לבין הפלסטינים. ישראל כבר נקטה במדיניות זו בעבר והצדיקה הפקעת קרקעות לצורך הקמת התנחלויות בקיומם של "צרכים צבאיים דחופים" ובטענה כי מדובר בצעד זמני. ההתנחלויות הפכו זה מכבר לעובדות בשטח. סביר להניח כי, כמו במקרה ההתנחלויות, יהפוך מכשול ההפרדה לעובדה של קבע שתכשיר את הקרקע לתביעה עתידית של ישראל לסיפוח שטחים.

לישראל הזכות והחובה להגן על אזרחיה מפני פיגועים. אולם, הקמת מכשול ההפרדה כדרך למניעת פיגועים בתוך ישראל היא הפיתרון הקיצוני ביותר והפוגע ביותר בתושבים הפלסטינים. ישראל העדיפה פיתרון זה על פני דרכים חלופיות שעמדו לרשותה, שפגיעתן באזרחים הפלסטינים פחותה. גם אם תתקבל הטענה שאין מנוס אלא להקים את המכשול יש להקים אותו על הקו הירוק או בתוך שטחה של מדינת ישראל.