מעצר מנהלי הוא מעצר המבוצע על-סמך הוראה מנהלית בלבד, ללא הכרעה שיפוטית, ללא כתב אישום וללא משפט. מעצר כזה הוא חוקי על-פי המשפט הבינלאומי, אך בשל הפגיעות הקשות בזכויות להליך משפטי הוגן הטבועות באמצעי המעצר המנהלי, והסכנה הברורה לניצולו לרעה, הציב המשפט הבינלאומי הגבלות נוקשות על יישומו. הדרך בה משתמשת ישראל באמצעי המעצר המנהלי עומדת בניגוד בוטה להגבלות אלה. במהלך השנים החזיקה ישראל פלסטינים במעצר ממושך, מבלי להעמידם לדין ומבלי למסור להם מהם האשמות נגדם. במקרה בו הגישו העצירים ערעור, לא ניתן להם או לעורכי-דינם לראות את חומר הראיות. בכך הושמו ללעג מערכת ההגנות שבחוק הישראלי ובמשפט הבינלאומי, אשר נועדו להבטיח את הזכות לחירות ולהליך הוגן, את זכות הטיעון ואת חזקת החפות.

נים 2001-1998 חלה ירידה הדרגתית במספר הפלסטינים שהחזיקה ישראל במעצר מינהלי ומ-1999 ועד אוקטובר 2001 עמד מספרם הממוצע של הפלסטינים שהוחזקו במעצר מינהלי על פחות מעשרים. עם זאת, הבסיס החוקי לשימוש באמצעי זה נותר כשהיה, מה שאיפשר לישראל לשוב ולהגביר בהדרגה את השימוש באמצעי זה, החל מאוקטובר 2001. מגמה זו התחזקה מאוד ב"מבצע חומת מגן" ולאחריו. בתחילת מארס 2003 החזיקה ישראל במעצר מינהלי למעלה מ-1,000 פלסטינים. במהלך שנת 2007 עמד מספר העצירים המינהליים שהוחזקו בידי ישראל על כ-830 בממוצע חודשי, עלייה של כמאה עצירים בהשוואה לממוצע המקביל לשנת 2006.

בצלם קורא לממשלת ישראל לשחרר לאלתר את כל העצירים המינהליים או להעמידם לדין בגין העבירות שהם נחשדים כביכול בביצוען. כמו כן קורא בצלם לממשלה להורות למפקדים הצבאיים לתקן את הצו הצבאי החל בשטחים מכוחו מבוצעים כיום מעצרים מנהליים, כך שיעמוד בקנה אחד עם ההגבלות הקיימות במשפט הבינלאומי.