إحدى الوظائف الأساسية للسلطة هي تطبيق القانون والدفاع عن حياة، ممتلكات وحقوق السكان المسؤولة عن أمنهم. واجب السلطة الإسرائيلية هذا لا يسري فقط تجاه السكان الإسرائيليين، في إسرائيل أو في الاراضي المحتلة، ولكنه يسري أيضا ضد الفلسطينيين في الاراضي المحتلة.

عندما يقوم فلسطينيون بالاعتداء على مواطنين إسرائيليين، تتخذ السلطات جميع الوسائل، بما فيها تلك التي لا تتماشى مع القانون الدولي والتي تشكل انتهاكاً خطيراً لحقوق الإنسان، لاعتقال المتهمين ومحاكمتهم، وتوقع المحاكم العسكرية بالمتهمين أقسى العقوبات.

على النقيض من ذلك، عندما يعتدي مواطنون إسرائيليون على الفلسطينيين تتبع السلطات الإسرائيلية سياسة غير معلنة من التسامح والتساهل وعدم استيفاء الاجراءات القضائية مع المعتدين، وتتجلى هذه السياسة لدى المسؤولين عن حفظ النظام في الاراضي المحتلة، الجيش والشرطة الاسرائيلية، الذين لا يبذلوا جهوداً اكبر لايقاف أعمال الشغب التي يقوم بها المستوطنون أو اتخاذ أي إجراءات ضدهم. كل واحدة من مؤسسات السلطة والقانون، وكلها مجتمعة، تميل للتهاون تجاه أعمال العنف العديدة التي يقوم بها مواطنون إسرائيليون ضد سكان فلسطينيين في الأراضي المحتلة.

ان السلطات الإسرائيلية تقوم بالتمييز بين الإسرائيليين والفلسطينيين عند تطبيقها للقانون في الأراضي المحتلة، هذا التمييز والتقصيرات العديدة بتطبيق القانون على المواطنين الإسرائيليين في الأراضي المحتلة، من شأنه تقويض ركائز سيادة القانون في دولة إسرائيل..